ويقول جمهور النصارى: أن كاتب هذا الإنجيل هو يوحنا الحواري ابن زيدى الصياد الذي كان يحله السيد المسيح، حتى إنه استودعه والدته وهو فرق الصليب، كما يعتقدون، وقد نفى في أيام الاضطهاد الأولى، ثم عاد إلى أفسس، ولبث يبشر فيها، حتى توفى شيخاً هرما.
هذه خلاصة ما جاء بكتاب مرشد الطالبين، ولكن بجوار هؤلاء من محققي المسيحيين من أنكر أن يكون كاتب هذا الإنجيل هو يوحنا الحواري، بل كتبه يوحنا آخر لا يمت إلى الأول بصلة روحية، وأن ذلك الإنكار لم يكن من ثمرات هذه الأجيال، بل ابتدأ في القرن الثاني الميلادي، فإن العلماء بالمسيحية في القرن الثاني الميلادي أنكروا نسبة هذا الإنجيل إلى يوحنا الحواري، وكان بين ظهرانيهم أرينيوس تلميذ بوليكارب تلميذ يوحنا الحواري، ولم يرد عليهم بأنه سمع من أستاذه صحة تلك النسبة، ولو كانت صحيحة لعلم بذلك حتماً تلميذه بوليكارب، ولأعلم هذا تلميذه ازينيوس، ولأعلن هذا تلك النسبة عندما شاع انكارها. ولقد قال استادلين في العصور المتأخرة:"إن كامنة إنجيل يوحنا تصنيف طالب من طلبة مدرسة الإسكندرية، ولقد كانت فرقة الوجين في القرن الثاني تنكر هذا الإنجيل وجميع ما أسند إلى يوحنا، ولقد جاء في دائرة المعارف البريطانية التي اشترك في تأليفها خمسمائة من علماء النصارى ما نصه: "أما إنجيل يوحنا فإنه لا مرية ولا شط كتاب مزور أراد صاحبه مضادة اثنين من الحواريين بعضهما لبعض. وهما القديسان يوحنا ومتى، وقد ادعى هذا الكاتب الممرور في متن الكتاب إنه هو الحواري الذي يحبه المسيح، فأخذت الكنيسة هذه الجملة على علاقتها، وجزمت بأن الكاتب هو يوحنا الحواري، ووضعت اسمه على الكتاب نصا، مع أن صاحبه غير يوحنا يقيناً، ولا يخرج هذا الكتاب عن كونه مثل بعض كتب التوراة التي لا رابطة بينها وبين من نسبت إليه، وإنا لنرأف ونشفق على الذين يبذلون منتهى جهدهم ليربطوا، ولو بأوهى رابطة، ذلك الرجل الفلسفي - الذي ألف هذا الكتاب فيلا الجيل الثاني - بالحواري يوحنا الصياد الجليل، فإن أعمالهم تضيع عليهم سدى لخبطهم على غير هدى".
هذا قول بعض الباحثين من كتابهم: "ومن البدهي أن يعد المتعصبون ذلك القول خروجاً على وجه المسيحية، ولذلك قال أحد هؤلاء المتعصبين،