والمكمل في بيان المهمل»، و «الفقيه والمتفقه»، و «كتاب غنية المقتبس في تمييز الملتبس»، و «كتاب الأسماء المبهمة في الأنباء المحكمة»، و «كتاب الموضح أوهام الجمع والتفريق»، و «كتاب المؤتنف تكلمة المختلف والمؤتلف»، و «كتاب لهج الصواب في أن التسمية من فاتحة الكتاب»، و «كتاب الجهر بالبسملة»، و «كتاب رافع الارتياب في المقلوب من الأسماء والألقاب»، و «كتاب القنوت»، و «كتاب التبيين لأسماء المدلسين»، و «كتاب تمييز المزيد في متصل الأسانيد»، و «كتاب من وافق كنيته اسم أبيه»، و «كتاب من حدّث فنسي»، و «كتاب رواية الآباء عن الأبناء»، و «كتاب الرحلة»، و «كتاب الرواة عن مالك»، و «كتاب الاحتجاج عن الشافعي فيما أسند إليه والرد على الطاعنين بجهلهم عليه»، و «كتاب التفصيل لمبهم المراسيل»، و «كتاب اقتفاء العلم بالعمل»، و «كتاب تقييد العلم»، و «كتاب القول في علم النجوم»، و «كتاب روايات الصحابة عن التابعين»، و «كتاب صلاة التسبيح»، و «كتاب مسند نعيم بن همار»، و «كتاب النهي عن صوم يوم الشك»، و «كتاب الإجازة للمعدوم والمجهول»، و «كتاب البخلاء».
وغيرها من التصانيف النافعة ذكرها الذهبي في «سير أعلام النبلاء»(١)، وغيره.
يقول الحافظ ابن نقطة: «وله مصنفات في علوم الحديث لم يسبق إلى مثلها ولا شبهة عند كل لبيب أن المتأخرين من أصحاب الحديث عيال على أبي بكر الخطيب … ومات عن نيف وخمسين مُصَنَّفًا سوى ما وُجِد في الرقاع غير مفروغ منه وانتهى إليه الحفظ والإتقان والقيام بعلوم