١. فقدان النسخ الإلكترونية لبعض البحوث مما استلزم إدخال نصوصها بالحاسب الآلي.
٢. كثرة تراجم رواة نصوص الكتاب التي زادت عن عشرة آلاف ترجمة، حيث تمت دراستها وحذف التكرار منها، فبلغت نحوًا من ثلاثة آلاف ترجمة.
٣. الاختلاف الواسع في تنسيق نصوص الكتاب الإلكترونية متباينة الإعداد.
٤. تباين بحوث المحققين للموضوع المشترك في دراساتهم، إذ كل منهم قد اختصت دراسته بالجزء الذي حققه، مما استلزم مزيد النظر للجمع بين أطراف دراساتهم واحتوائها في قالب واحد.
٥. تعدد مناهج الباحثين في طرق الإشارة إلى مواضع صفحات النسخ الخطية للكتاب، وفي تسميتها ووصفها ودراسة سماعاتها الكثيرة، كل ذلك كان سببًا في إعادة النظر في كتابة هذا المبحث بتمامه مما استغرق جهدًا وزمنًا ليس باليسير.
٦. تنوع طرق فهارس الباحثين، واختلافها كمًّا وكيفًا، أدى إلى إعادة ترتيب مواد الفهارس كلها وتجميعها على طريقة واحدة إلكترونية، هذا مع سعة مواد الكتاب الكثيرة، إلى غير ذلك من الصعاب التي لا تخفى على من تصدى لمثل هذا العمل، الذي قد لا يسلم جمعه وإخراجه من خطأ أو زلل، فقد أبى الله أن لا يكمل إلا كتابه المنزل، وعذر فريق العمل أنهم بذلوا قصارى جهدهم من غير سآمة أو ملل، ومواقعة المحذور مع سعة مادة الكتاب غير مستبعدة، بل هي أمر محتمل، وقد قال السيد أحمد صقر يرحمه الله تعالى: "والنشر فن خفي المسالك، عظيم المزالق، جم المصاعب، كثير المضائق، وشواغل الفكر فيه متواترة، ومتاعب البال وافرة، ومهيضات