والكلام على شرك قوم نوح وقوم إبراهيم وقوم هود وقوم صالح لا تجده في نسخة (أ)؛ لأنه فُقد منها الدفتر الثالث، ولكنك واجدٌ ذلك في نسخة (س) التي تسلسل الكلام فيها من أول الكتاب إلى شرك المصريِّين وموضوعات أخرى، والكلام على شرك المصريِّين موجود في نسخة (أ)، فيسهِّل عليك ذلك معرفةَ تسلسُل الكتاب.
وقال أيضًا في ص ٣٤ من المخطوط:«وستعلم عند تحقيق معنى الإله والعبادة أنَّ معرفة المعنى ... »، وكرَّر هذه الإشارات في مواضع أخرى.
وتحليل لفظَي الإله والعبادة من حيث اللغة والمعنى وكلام أهل العلم في ذلك وتحقيق شأنهما ليس موجودًا في نسخة (أ)، ولكن تجده في أواخر الدفتر الثاني وتكملته في نسختي (ب) و (س)، ثم تجد في الدفتر الخامس تحرير العبارة في تعريف العبادة.
وبيان الطريق التي سلكتها في تكملة النقص وترتيب القِطَع في صُلْب الكتاب على النحو التالي:
أوَّلًا: نسخة (ب) من كتاب العبادة. بالرقم ٤٦٨٩.
وهي تمثِّل المرحلة الأخيرة من تأليف كتاب العبادة، وفيها زيادات في صُلْب المتن في حين هي ملاحق في حواشي نسخة (أ) المشهورة عند طلبة العلم، ويُعلم ذلك بالمقارنة بينهما.
ومن الأدلَّة على تأخُّر نسخة (ب) عن نسخة الأصل إحالة المؤلِّف في نسخة (ب) على نسخة الأصل، انظر: مثلًا: قوله في ص ١٠٤ بترقيمي: وأما الخوارق فاعلم أن الخوارق ...... وكتب المؤلِّف فوق النُّقَط عبارة