دخل في الإسلام هناك، وجاؤوا في سفينتين في البحر، فقدموا على رسول الله صلى الله عليه وسلم بخيبر، فأسهم لهم منها، ولم يسهم لمن لم يحضرها غير أهل السفينتين، ثمّ سكن المدينة إلى أن خرج إلى مؤتة.
وفي «صحيح البخاريّ» عن أبي هريرة رضي الله عنه:
(كان خير الناس للمساكين جعفر رضي الله عنه، كان ينقلب بنا فيطعمنا ما كان في بيته، حتى إن كان ليخرج إلينا العكّة التي ليس فيها شيء؛ ليشقّها فنلعق ما فيها) .
وعنه أيضا: قال صلى الله عليه وسلم: «رأيت جعفرا يطير في الجنة مع الملائكة» رواه الترمذيّ.
وله من الأولاد من زوجه أسماء بالحبشة: عبد الله، وعون، ومحمّد.
قال الإمام النووي:(والعقب لعبد الله دون أخويه، ويوم ولد له عبد الله.. ولد فيه للنجاشيّ ولد، فسأل جعفرا: ماذا سميت ابنك يا جعفر؟ لنسمي به ابننا، فسمّاه عبد الله، وأرضعته أسماء بلبن ابنها عبد الله، فكانا يتواصلان لتلك الأخوّة، وكان قد أسلم النجاشيّ على يد جعفر) .
ولمّا قدم جعفر على النّبيّ صلى الله عليه وسلم يوم فتح خيبر.. قال عليه الصّلاة والسّلام:«لا أدري بأيّهما أنا أشد فرحا: بقدوم جعفر، أم بفتح خيبر؟» .