كتبه إلى اللغة اللاتينية، وقد نُقِل كتابه «الاستتمام»، الذي هو من أهم كتبه، إلى اللغة الفرنسية في سنة ١٦٧٢ م، فدل هذا على دوام نفوذه العلمي في أوربة مدةً طويلة.
ويتألف من كتب جابر موسوعةٌ علمية حاوية خلاصةَ ما وَصل إليه علم كيمياء العرب في عصره، وتشتمل هذه الكتب على وصف كثير من المركبات الكيماوية التي لم تُذكَر قبله، كماء الفضة (الحامض النتري) وماء المُهِمَّيْن اللذين لا نتصور علم الكيمياء بغيرهما.
ويظهر أن جابر بن حيان عَرَف خواصَّ بعض الأرواح، فقد ذكر:«أن الأرواح حينما تستقر بالأجسام تَفْقِد شكلها وطبيعتها، وتصبح غير ما كانت عليه، وأنها في حالة التحليل إما أن تَطِير وحدها وتبقى الأجسام التي امتزجت بها، وإما أن تطير مع ما امتزجت به من الأجسام في آن واحد.»
وكان جابر يعتقد، كجميع السيماويين، أن المعادن مركبةٌ من عناصر كثيرةٍ غير معروفة، فيسمِّي هؤلاء هذه العناصر، على حسب الأحوال، ببعض الأسماء، كالكبريت والزئبق والزرنيخ ... إلخ.
ولكن هذه الأسماء لم تَدُلُّ على خواصِّ العناصر المفترضة التي أطُلقت عليها، وإلى هذا الأمر أشار السيماويون، غير مرةٍ، فيجب الانتباه إليه خوفًا من الوقوع في مثل ما اقترفه مؤلفون كثيرون من الوِزْر نحوهم.
ويرى علماء الكيمياء من العرب أن جميع المعادن مؤلفةٌ من عناصرَ واحدةٍ، وأن بعض المعادن لا يختلف عن بعضٍ إلا بسبب اختلاف نِسَب هذه العناصر، وأنه في حالة حل هذه العناصر، وإعادة تركيبها مرةً أخرى على نسب ملائمة يُظفر، كما هو ظاهر، بأي معدن آخر كما يُراد، كالذهب مثلاً. ورَانَت مسألة تحويل المعادن على قلوب سيماويي العرب قروناً كثيرة كما هو معلوم، فنشأ عن نظرياتهم، البعيدة من الذهنية الحاضرة بعضَ البعد، خِدَمٌ للعلم حقيقةٌ عند قيامهم بمباحثهم التي ما كانت لتقع بغيرها، أَجَلْ، إنه لا يُكْتَشَف ما يُبحث عنه، ولكنه يُكتشف ما لا يُعْثَر عليه بغير طلب تحويل المعادن زمناً طويلاً.
واشتملت كتب جابر على بيان كثير من المركبات الكيماوية التي كانت مجهولة قبله، كماء الفضة (الحامض النتري) وماء الذهب والبوتاس وملح النشادر وحجر جهنم (نترات الفضة) والسليماني والراسب الأحمر، وكان جابر أولَ من وَصَف في كتبه أعمالاً أساسية كالتقطير والتصعيد والتبلور والتذيب والتحويل ... إلخ.