كما يهتم بالمقارنة بين مختلف التفاسير، وترجيح بعضها على الآخر، وذلك في مواضع كثيرة من تفسيره كقوله مثلاً:"وأرجح الأقوال عندي قول هذه الطائفة وفي الحديث الصحيح ... " وذلك باعتماده على حديث صحيح، وكقوله:"وهي مع ذلك عند التأمل يلوح منها تأويل قتادة المتقدم فتأمله"، وكقوله:"وهذا التأويل عندي أبين إذا لخص وإن كان قد استبعده ابن عطية"، ويرجح أحيانًا تفسير الطبري فيقول:"وما قال الطبري عندي أبين" ويقول: "وهذا هو الراجح الذي تدل عليه الأحاديث وظواهر الآيات"، " وأظهرها عندي قول أبي جعفر".
ويرجح أحيانًا عند مقارنته تفسير أهل بلده مثل ترجيحه تفسير عبد الحق الخراطي أو البجائي فيقول:" وهذا هو الصواب إن شاء الله تعالى وهو تأويل صاحب العاقبة" ويميل أحيانا أخرى إلى تأويل الحديث ليخلص إلى رأى اجتهادي له كرأيه في عدم القيام للقادم لتحيته يقول: "وفي الاحتجاج بقضية سعد نظر لأنها احتفت بها قرائن سوغت ذلك، والسلامة عندي ... "، ويرجح أحيانا كثيرة تفسير البخاري كقوله مثلا:" والأول أبين وهو تفسير البخاري ".
ولم يخل منهجه من عنصر النقد، فكما نقد كثيرا من الآثار والروايات سندا ومتنا نقد أيضا في مواضع متعددة جماعة من المفسرين وعلى رأسهم ابن عطية الذي اختاره المصنف ليكون أساس تفسيره فيصرح أحيانا ببعد تفسير أو لفظة عن السياق فيقول مثلا:"وهذا تأويل بعيد من لفظ الآية كما ترى".
ويكشف أحيانا عما يسميه قلقا في التوجيه أو في التعبير ويبين أحيانا أخرى أن ابن عطية خصص بدل أن يعمم بدون دليل مثل قوله في تفسير قوله تعالى:{إنا سنلقي عليك قولا ثقيلا}(١)" والصواب عندي أن يقال: أما ثقله باعتبار سائر الامة فهو ماذكر من ثقل المعاني".
كما ينبه في مواضع أخرى على تناقض ابن عطية فيقول مثلا: وماضعفه رحمه الله صححه في