في جمع الجنود لقتال أخيه ثم قدم العم من الأستانة ومعه سبعة مراكب مشحونة بالعساكر ومتقلداً منصب الباشا من السلطان محمَّد خان فجمع محمَّد باي أهل الحل والعقد بجامع الزيتونة للنظر في هاته النازلة وكان من أمرهم الاتفاق على رد العم وكاتبوا الدولة بأن سبب عدم قبوله هو عدم أهليته وبناء على ذلك رجع العم لدار الخلافة وكان من أمره ما سنذكره وأما علي فإنه قدم بجند من الأعراب وخرج له أخوه محمَّد في جنده ووقع القتال بينهم فكانت الهزيمة على محمَّد وفرّ إلى الكاف ودخل علي لتونس وتمت له البيعة وبعد ذلك وقعت بينه وبين أخيه حروب واضطرب الحال وبينما هم كذلك إذ قدم العم محمَّد الحفصي من دار الخلافة متقلداً منصب الباشا من السلطان محمَّد أيضاً ودخل الحاضرة في حفل عظيم ووفد عليه علي وهنأه بذلك وصارا على وفاق ثم صارت بينهما وحشة وخرج العم لقتاله باتفاق مع أخيه محمَّد وبعد قتال كانت الهزيمة عليهما وفرّ العم للقيروان والأخ للمنستير وفي أثناء ذلك قدم صاحب الجزائر لإطفاء نار الفتنة وعقد الصلح بين ثلاثتهم وانعقد على تمليك علي وإقامة العم باشا تبعاً لأمر السلطان واستقرار محمَّد بالقيروان ويبقى ابنه أحمد رهناً عند عمه علي وبناء على ذلك رجع علي والعم للحاضرة ثم صدر الإذن من الدولة العلية سنة ١٠٩٠ هـ بإبعاد العم لأرض الروم وأبعد لتلك الجهة إلى أن توفي سنة ١٠٩٧هـ وصفا الجو لعلي ثم أساء السيرة بعد ذلك وتحرك له أخوه محمَّد في جموع ووقع القتال وفي أثناء القتال اغتال علي ابن أخيه الرهين وفرّ إلى الكاف واتبعه أخوه محمَّد بحملة عظيمة وانضمت له محلة الجزائريين الذين جاؤوا لنصره وفرّ علي لصفاقس بعد انهزامه ودخل محمَّد الحاضرة ولما رأى ما يشعر باستبداد الذاي راسل أخاه علياً في الصلح واصطلحا على مقاسمة البلاد فكانت حصة محمَّد باجة والقيروان والمنستير وحصة على الكاف ووسلات وسوسة وبقية الساحل وارتحل محمَّد لتلقيه وعزما على قتال الداي حيث استبد بالحاضرة وهو أحمد شلبي وخرج هذا الداي بمحلة لقتال محمَّد وآلت بعد القتال بانهزام محمَّد وراسل الأخوان بعد ذلك صاحب الجزائر إبراهيم خوجة واشترطا له شروطاً على إعانتهما فخرج بنفسه في حملة وعامل قسنطينة في محلة أخرى وسار إليه الأخوان واجتمعوا بالحريرية وألحوا في الحصار على تونس إلى أن استولوا عليها وأسروا الداي شلبي وجددت البيعة للأخوين وذلك في رجب سنة ١٠٩٧ هـ وولوا الحاج بقطاش دفايا وبعد أيام قلائل ظهر للجند عدم إمكان الشركة ونادوا بلسان واحد بولاية محمَّد وقتلوا علياً وأحمد شلبي وارتحل بعد ذلك الجزائريون بعد توصلهم بما اشترطوا وانفرد محمَّد باي بالأمر وصفا له الجو وخرج لتدويخ النواحي وجباية