وفي هذا المنفى كتب شيخ الإسلام كتابه الكبير في الرد على المنطقيين.
وكتب فيه كذلك: الرد على رسالة «الألواح» لابن سبعين, المطبوع بعنوان «بغية المرتاد في الرد على المتفلسفة والقرامطة والباطنية» , ويسمى «المسائل الاسكندرية في الرد على الملاحدة والاتحادية» , ويسمى «السبعينية» نسبة إلى ابن سبعين. انظر: «الصفدية» (١/ ٣٠٢) , و «النبوات» (٣٩٨) , و «الرد على المنطقيين» (٢٧٥). وكتب فصولًا في الفقه, كما في «مجموع الفتاوى» (٢٣/ ٢١٠). وكتب لصاحب سبتة إجازة بأسانيده في عشر ورقات, كتبها من حفظه ويعجز عن عمل بعضها أكبرُ محدِّثٍ يكون! كما يقول الذهبي في «الدرة اليتيمية» (٤٠ - تكملة الجامع لسيرة شيخ الإسلام). وكتب إلى أصحابه رسالةً تفيض حبًّا وصدقًا ورضًا ويقينًا بالله, اقرأها في «مجموع الفتاوى» (٢٨/ ٣٠ - ٤٦) , وهي من كريم الرسائل.