المؤلف أدخل تحت كل كتاب عددًا من الأبواب، ويختلف عدد هذه الأبواب من كتاب إلى آخر بحسب المادة الموجودة لدى المؤلف بحسب سعة ذلك الموضوع، فبينما نجد أن [كتاب البيوع والأقضية يشتمل على (٦٤٠) بابًا، وكتاب الحج على (٥٥١) بابًا]، وكتاب الطهارة يحتوي على (٢٥٥) بابًا نجد كتبًا أخرى لا تحتوي إلا على أبواب قليلة مثل كتاب الأمراء، حيث يحتوي على بابين، وكتاب التعبير ويحتوي على (١٣) بابًا.
وهكذا الحال بالنسبة للأحاديث والأخبار الواردة تحت الباب الواحد، فمرة نجد أن الباب يتسع ليشمل أخبارًا كثيرة مثل باب (من قال: إذا التقي الختانان فقد وجب الغسل) فقد اشتمل على (٢٧) خبرًا؛ وفي باب (المسح على الخفين) أورد (٧٩) خبرًا، ومرة نجد الباب لا يضم تحته إلا خبرًا واحدًا مثل باب (سؤر الدجاجة) وباب (بول الخفاش).
وبالنسبة للترتيب فإن المؤلف رتب الكتب في المصنف على طريقة لم يسر عليها غالب المؤلفين في الفقه والحديث، فرغم أنه بدأ بالطهارة قبل الصلاة وقدمها على باقي العبادات إلا أننا نجد أنه قدم الصيام على الزكاة، وقدم الصيام والزكاة على الجنائز، وجعل النذور قبل الحج، وجعل أبواب النكاح والطلاق والصيد قبل أبواب المعاملات.
وأما ترتيب الأبواب داخل الكتاب الواحد فإنه وإن تناسبت بعض الأبواب المتجاورة إلا أن الغالب أنه ليس هناك ترتيب معين لهذه الأبواب وإن كان يلتزم عند فصل كل قول في المسألة في باب مستقل أن تكون تلك الأبواب متعاقبة.
وفي الغالب أن المؤلف يذكر اسم الباب مباشرة، بدون ذكر كلمة (باب)، وفي المسائل التي اشتهر الخلاف فيها يضع لكل قول بابًا مستقلًا، وقد يجعل اسم الباب بصيغة اللاستفهام.