وانجيل يوحنا هو الكتاب الرابع في العهد الجديد، وضعه الرسول يوحنتا، وهو يختلف عن الأناجيل الثلاثة المذكورة في مادته وتعالميه.
وقد أورد الدكتور محمد وصفي في كتابه:«المسيح والتثليث» أسماءً لسبعة وثلاثين انجيلا، منها انجيل برنابا، وهو مطبوع في مصر، وحديثاً في طبعة أنيقة في بيروت. وقد اقتنيته، وفيه نصوص كثيرة تخالف الأناجيل الأربعة مخالفة جوهرية. وفيه بشارة صريحة بسيدنا محمد صلى الله عليه وسلم ولكن المسيحين لا يعترفون به ويقولون إنه مزيف.
وفي كتاب الدكتور محمد وصفي «المسيح والتثليث» نصوص صريحة في مخالفة الأناجيل الأربعة لبعضها البعض واضحة جدا، وكذلك هنا اختلاف بين طبعات الكاثوليك وطبعات البروتستانت.
وقد قال (فاستس) في القرن الرابع وهو من علماء (ماني كيز) : إن الانجيل المنسوب الى متّى ليس من تصنيفه.
وقال (اشلاير ماخر) في كتابه «الأبحاث عن انجيل لوقا» : ليس انجيل لوقا الا كتاباً مختلفة كتبت في أزمنة غير معينة على أيدي قوم مجهولين.
وبعض الفرق المسيحية كالفرقة الموسونية والفرقة الابيونية وفرقة يوني تيرن اسقطت البابين الأول والثاني من انجيل لوقا، مع وجود الاختلاف الكبير بين كتابيهما وكتاب لوقا الحالي كذلك.
وقال العلامة الألماني رويس: ان انجيل يوحنا مجرد رأي لأحد المسيحين نَزَعَ فيه الى بيان رأيه الخاص فيما أتعى به المسيح عليه السلام. ولقد أكد (استارولن) ان انجيل يوحنا ليس إلا كتاباً كتبه بعض الطلبة من مدرسة الاسكندرية.
وقد استبعد مسيو (موريس فرن) في دائرة المعارف البريطانية، كون الأناجيل الثلاثة المعزوة الى متى ومرقص ولوقا من تصنيفهم، وحين وصل الى الكلام عن انجيل يوحنا قال: لا شك انه كتابٌ دخيل مزوَّر أراد ان يوجد تناقضاً بين أقوال القديسَين متى ويوحنا. . . ومن أراد الاستزادة فعلية ان يرجع الى كتاب الدكتور محمد وصفي «المسيح والتثليث» وكتاب «إظهار الحق» للشيح رحمة الله الهندي. وكل هذه الأقوال والانتقادات من علماء المسيحية أنفسهم. ونحن نعتقد أن هذه الأناجيل كلها محرَّفة، مؤلفوها مجهولون، وان الانجيل الصحيح الكامل منفقود كما جاء في القرآن الكريم.