- قد يتصرّف في بعض تراجم الأبواب وترتيبها، كأن يستبدل بترجمة الباب ما يكون أدلّ على المقصود، كما في باب القصاص من اللطمة (٣/ ١٢٣)، فإن ترجمته في «السنن»: باب القَوَد من الضربة وقصّ الأمير من نفسه.
وقد يقدّم بابًا على باب لأنه ألصق في مضمونه بالباب الذي قبلهما. ومثاله: أنه كان في «السنن» و «المختصر»: باب القُبلة للصائم، ثم: باب الصائم يبتلع الريق، ثم: كراهية ذلك للشَّاب. فقدّم المؤلف الأخير منها على ما قبله فصار هكذا: باب القُبلة للصائم ــ كراهية ذلك للشَّاب ــ باب الصائم يبتلع الريق. انظر:(٢/ ٦٧ - ٧١).
وفي موضع ضم حديث الباب الوحيد إلى الباب الذي قبله، ثم أورد تحته أحاديث أخر أشد مطابقةً للترجمة. انظر: باب في ذلك يدًا بيد (٢/ ٤٢٢).
في موضع زاد المؤلف بابين لم يذكرهما أبو داود، وذلك في آخر كتاب الديّات (٣/ ١٥٢ - ١٥٥)، وهما:«باب لا يُقتصّ من الجرح قبل الاندمال» و «باب من اطَّلع في بيت قوم بغير إذنهم»، ثم قال:«ولم يذكر أبو داود هذا الباب، ولا الذي قبله، ولا أحاديثَهما، فذكرناهما للحاجة».
- قد يذكر المؤلف كلام المنذري على الحديث ثم يتعقّبه، كما في تعليله لروايات سعيد عن عمر بالانقطاع (٣/ ٣٨٤)، ووجه الجمع بين إكرام الشعر والنهي عن ترجّله إلا غبًّا (٣/ ٧٠).
- اعتنى المؤلف عناية ظاهرة في كثير من الأبواب بالجمع بين الأحاديث التي قد يوهم ظاهرها التعارض.