لقد تميز السعدي في تفسيره للقرآن الكريم بالاهتمام بالاستنباط، والعناية به، فلا أدل على ذلك من تأليفه كتب يغلب عليها الاستنباط، ككتابه فوائد مستنبطة من قصة يوسف، والمواهب الربانية من الآيات القرآنية، وفتح الرحيم الملك العلام في علم العقائد والتوحيد والأخلاق والأحكام المستنبطة من القرآن، وكذلك الحس الاستنباطي الذي وهبه الله للسعدي؛ إذ يتبين عند وقوفه للاستنباط في مواطن قد يغفل عنها الكثير، وكذلك سلوك السعدي للطرق الصحيحة للاستنباط جعل من استنباطاته مثلاً، ثم مع الدربة وطول الزمن أصبح السعدي في الاستنباط من القرآن ممن يشار إليهم بالبنان، ولو قلنا أن أميز ما في تفسير السعدي للقرآن استنباطاته لم يكن ذلك ببعيد، فتخصص السعدي في الاستنباط جعل لاستنباطاته مميزات.
ومن أهم المميزات التي تميزت بها استنباطات السعدي ما يلي:
أولاً: سلامة استنباطات السعدي من المخالفات العقدية، وهذه ميزة مهمة؛ إذ بعض المفسرين المهتمين بالاستنباط، قد وظف استنباطاته في خدمة معتقده الباطل، فجعل استنباطاته مطية لهواه ومركباً لتأويلاته الباطلة.
ثانياً: ظهور القوة الفقهية في استنباطات السعدي، وذلك من خلال