بعد عُمر طويل وحياة عامرة بالحركة والنشاط تزيد على تسعة وسبعين عامًا، قضاها الإمام ابن حجر بين التعلم والتعليم والتأليف، وافاه الأجل وأدركه الموت وذلك في شهر ذي الحجة سنة (٨٥٢ هـ) بعد مرض بدأ به في ذي القعدة، ثم اشتد به وأقعده، فتخلف عن صلاة عيد الأضحى، ثم ازدادت شدّته فصار يصلي الفرض جالسًا، وانتابه الصرع، وفي ليلة السبت في ٢٨ من ذي الحجّة، وبعد العشاء فاضت روحه إلى بارئها.
وكانت جنازته مشهودة، لم يكن بعد جنازة ابن تيمية أحفل منها حتى قال السخاوي:"واجتمع في جنازته من الخلق ما لا يحصيهم إلَاّ الله عز وجل، بحيث ما أظن كبير أحد من سائر الناس تخلف عن شهودها، وقفلت الأسواق والدكاكين".
وشُيع -رحمه الله- في موكب مهيب حضره السلطان وأعيان الناس من القضاة والعلماء والأمراء، وصُلي عليه صلاة الغائب أيضًا في بعض البلاد الإسلامية كمكّة وبيت المقدس ودمشق وغيرها.