٢ - يَحذف المصنف أحيانًا متون الأحاديث، ويُبقي الأسانيد وحدها ويكتفي بقوله: فذكر الحديث، ويكون الحافظ قد ذكره في موضع آخر.
٣ - يورد أحيانًا القدر الزائد من الحديث وقد يكون القدر الزائد الشطر الأخير من الحديث دون الإشارة إلى القدر المحذوف من الحديث فلا يهتدي إليه حين التخريج إلَّا بصعوبة بالغة وخاصة إذا كان كل شطر يحمل معنى مستقلًا فقد يخرجه أصحاب الحديث في باب نظرًا لشطره الأول.
٤ - وقوع بعض التحريفات في الأسانيد وهذا يوقع الباحث في ارتباك وإن كان يمكن التلافي عن هذا بالاستعانة بالموجود من الأصول ولكن هناك حالات لا توجد لها حل إلَّا بالتخمين.
٥ - كثرة الآثار والمقاطيع في الكتاب وخاصة في كتاب العلم، ومعلوم أن تخريج الآثار أصعب من تخريج الأحاديث لفقدان بعض مصادرها ولأنها لم تخدم مثل الأحاديث، فإن ذكرت في المصادر فتذكر محذوفة الأسانيد.
٦ - وجود بعض رجال ليس لهم ذكر في تهذيب الكمال فيصعب على الباحث تحديد المقصود وتمييزه عن غيره لا سيما إذ ورد بأسمه فقط أو كنيته.
ومنها ما يرجع إلى الباحث وتتمثل فيما يلي:
١ - قلة معرفتي وقصر باعي في مجال التحقيق والبحث لكوني مبتدئًا، وشأن المبتدىء أن يتعثر حتى في الأمور السّهلة.