وقد سجن بقلعة دمشق في آخر حياته، فبقي يؤلف الكتب، ويرسل الرسائل لأصحابه ويذكر ما فتح الله عليه من العلوم العظيمة والأحوال الجسيمة، فقال: قد فتح الله علي في هذا الحصن في هذه المرة من معاني القرآن ومن أصول العلم بأشياء كان كثيرًا من العلماء يتمنونها وندمت على تضييع أكثر أوقاتي في غير معاني القرآن، ثم إنه مُنع من الكتابة ولم يترك عنده دواة ولا قلم ولا ورق فأقبل على التلاوة والمناجاة والذكر، وقال ابن القيِّم رحمه الله: سمعت شيخ الإسلام ابن تيمية قدس الله روحه ونور ضريحه يقول: «إن في الدنيا جنة من لم يدخلها لم يدخل جنة الآخرة، قال لي مرة: ما يصنع أعدائي بي؟ أنا جنتي وبستاني في صدري أين رحت فهي معي لا تفارقني، أنا حبسي خلوة وقتلي شهادة، وإخراجي من بلدي سياحة». وكان في القلعة يقول: لو بذلت ملء هذه القلعة ذهبًا ما عدل عندي شكر هذه النعمة، أو قال ما جزيتهم على ما تسببوا لي فيه من الخير .. ونحو هذا.
وكان يقول في سجوده وهو محبوس: اللهم أعني على ذكرك وشكرك وحسن عبادتك، وقال مرة: المحبوس من حبس قلبه عن ربه، والمأسور من أسره هواه، ولما دخل إلى القلعة وصار داخل سورها نظر إليها وقال: {فَضُرِبَ بَيْنَهُم بِسُورٍ لَّهُ بَابٌ بَاطِنُهُ فِيهِ الرَّحْمَةُ وَظَاهِرُهُ مِن قِبَلِهِ الْعَذَاب (١٣)} [الحديد: ١٣].
وكان كثير التعبد ومداومة الذكر والأوراد، لا يشغله عن هذا