١ - زيادة وتيرة الاضطرابات السياسية في أقاليم السودان الشمالية مطالبةً بالمزيد من الحكم اللامركزي ومن اقتسام الثروة مع المركز واحتجاجاً على معالجة الحكومة لبعض القضايا، مثل تنفيذ اتفاقية الشرق أو توطين المتأثرين بسد مروي أو إنشاء خزان كجبار أو غيرها، وربما تشتط بعض الجماعات لتطالب بتقرير المصير أو الانفصال كليةً عن السودان مثل ما فعل الجنوب.
ولعل مناطق التوتر الأولى في دارفور وجنوب كردفان والنيل الأزرق وربما شرق السودان تأتي في مقدمة من قد يرفع مثل تلك المطالب من خلال آلية المشورة الشعبية التي قد تُستغل سياسياً ضد الحكومة المركزية؛ كما أن ضعف الموقف الاقتصادي للبلاد المتوقع بعد خروج عائدات بترول الجنوب من موازنة الدولة، وتأثر تلك المناطق بالوضع الاقتصادي الجديد سيشجع على مثل تلك الاضطرابات.
٢ - سيزداد الاستقطاب السياسي بين الحكومة والمعارضة، وستحمِّل المعارضة الشمالية حزب المؤتمر الوطني الحاكم مسئولية انفصال الجنوب واشتعال الاضطرابات في مناطق أخرى، ومن ثمَّ فإنه غير جديرٍ بالاستمرار في الحكم حتى ولو فاز في الانتخابات القادمة لأن استمراره يعني المزيد من التفكيك والانشقاقات، وربما تستغل المعارضة الاضطرابات السياسية لمحاولة تغيير السلطة في الخرطوم خاصةً إذا ما بقيت خارج الحكم عن طريق انتفاضة شعبية ظلت ترددها لسنوات عديدة.
٣ - ازدياد الضغوط الدولية على السودان في مجالات التعامل مع المحكمة الجنائية الدولية، ورعاية حقوق الإنسان، وتحقيق بنود اتفاقيات السلام، وغيرها، وذلك بقصد الضغط على الحكومة حتى تستجيب لمطالب أهل دارفور وولايتي جنوب كردفان والنيل الأزرق أو يتغير النظام.
التحديات الاقتصادية:
لعل أهم هذه التحديات هي:
١ - خروج نصيب حكومة السودان من عائدات بترول الجنوب والتي تساوي حالياً حوالي ٨٠% من كل عائدات البترول (تبلغ عائدات البترول بصورة عامة حوالي ٦٠% من موازنة الدولة الاتحادية، وأن الانفصال يعني خروج أكثر من نصف هذه النسبة من الموازنة العامة بعد ٢٠١١م)، وهذا نقصٌ كبير سيتسبب في كثيرٍ من المشاكل الاقتصادية لشمال السودان.
٢ - إذا وقعت عقب الانفصال نزاعات عسكرية، أو انفلاتات أمنية، واضطرابات سياسية، فإن الوضع الاقتصادي سيكون في حالةٍ متردية، وفي تلك الحالة سيتوقف ضخ الأموال من أجل الاستثمار في البلاد.
٣ - لن تستطيع الحكومة مقابلة تعهداتها الداخلية في اتفاقيات السلام تجاه تعمير وتأهيل وتنمية مناطق دارفور وجنوب كردفان والنيل الأزرق وشرق السودان، وسيجر عليها ذلك بعض المشكلات والاحتقانات السياسية أو النزاعات المكشوفة، وقد لا تتمكن الدولة من الوفاء بمستحقاتها تجاه الديون الخارجية مما يشكل عليها بعض الضغوط.
٤ - إزاء مثل هذه الأوضاع المتقلبة قد تضطر الدولة لزيادة الضرائب والرسوم الجمركية دون أن تزيد الأجور بنفس النسبة، وهذا يعني زيادة العبء المعيشي على الطبقات المتوسطة والضعيفة التي ظلت تعاني لسنواتٍ من الضائقة المعيشية، ولم تتحسن أحوالها حتى بعد تدفق عائدات البترول، وسيصب ذلك في اتجاه زيادة الاضطرابات السياسية.
العلمانيون بعد الانفصال:
هنالك مثلٌ سودانيٌّ شائعٌ يقول (إذا وقع الثور كثرت سكاكينه).
فالعلمانيون ترتفع أصواتهم لوضع الترتيبات لاستمرار العمل السياسي في الشمال بعد انفصال الجنوب لتطبيق رؤية السودان الجديد.
فإسقاط حكومة البشير, إلغاء الشريعة الإسلامية، بسط الحريات العامة
الانفتاح على الغرب، كبت الإسلاميين وكتم أنفاسهم.