رتب البغوي كتابه على ترتيب كتب الجوامع من حيث العموم. حيث افتتح كتابه بكتاب الإيمان، ثم العلم، ثم بدأ بكتب الأحكام من عبادات ومعاملات، وختمه بكتاب الآداب والفتن وأحوال القيامة والفضائل والمناقب.
وهذا الترتيب هو ما تشتمل عليه كتب الجوامع في الغالب، ولم يخالف إلا بتقديم كتاب فضائل القرآن والدعوات حيث جعلهما بعد الصيام وقبل المناسك وسار في كتب الأحكام على طريقة الشافعية من حيت العموم، حيث بدأ بالعبادات، ثم بالبيوع وفروعاته، ثم النكاح وأحكامه، ثم العتق والديات، والحدود، فالجهاد، ثم الأطعمة ...
ومن المعلوم أن كتب المذاهب تختلف في هذا الأمر، خاصة في إدخال بعض الأبواب في العبادات فالحنابلة والمالكية يدخلون الجهاد ضمن العبادات.
بينما الحنفية والشافعية يعدونه في المعاملات، كذلك تختلف كتب المذاهب في ترتيب أبواب المعاملات المحضة فالأحناف والمالكية يضعون النكاح بين العبادات والمعاملات، بينما يضع الحنابلة والشافعية البيوع ثم النكاح، وهكذا (١).
ثم قسم كل كتاب إلى أبواب، وكل باب إلى قسمين: الصحاح، والحسان.
وأورد تحت كل قسم طائفة من الأحاديث تغطّي الباب على طريقته.
وهو يترجم لكل باب بترجمة مشهورة مختصرة وقد يهمل ذكر الترجمة ويكتفي بذكر "باب" هكذا مهملًا أو "فصل" كما فعل في كتاب فضائل القرآن وهذا قليل جدًّا.
[إعجاب العلماء بهذا الترتيب]
لقد أثنى العلماء على هذا الترتيب فقد قال محمد بن عتيق الغرناطي (ت ٦٤٦ هـ) بعد أن ذكر طائفة من كتب الحديث: والمصابيح أحسن ترتيبًا، فإنه وضع دلائل