والخط الثمودي مثل الخط المسند والخط اللحياني والخط الصفوي، خالٍ من الشكل ومن التشديد ومن الإشباع ومن علامات للحركات تكتب مع الحروف في صلب الكلمة. ولهذا يلاقي قارئه من الصعوبات ما يلاقيه قارئ القلم المسند والقلم اللحياني. فكلمة "بت" يمكن أن تقرأ بأوجه متعددة كأن تقرأ "باتَ" فعلًا ماضيًا، و"بيت" اسمًا. ولفظة "عف"، تكتب بهذه الصورة، ويقصد بها "عوف" إن كتبت مع الأسماء. ولفظة "زد" هي "زيد"، ولفظة "تم" هي "تيم", ولفظة "منت" هي "مناة"، وقد يراد بها "منيت"، أي: المنية. وجملة "قنص اسد" تحتمل أن تكون على هذا النحو: "قَنَص أسدٌ"، وقنص اسم رجل، وهو مبتدأ خبره "أسدٌ". ويحتمل أن تكون على هذه الصورة:"قنص أسدًا" فتكون جملة فعلية "قنص" فيها فعل ماضٍ، والفاعل مستتر تقديره هو، وأسدًا مفعول به.
غير أن بعض الكتابات قد استعملت حروف العلة: الواو والألف والياء، في بعض الأحيان لسد النقص الحاصل من عدم وجود الحركات، كما في "نور"، و"اموت""أموت" حيث قامت "الواو" بأداء واجب الـ"او" "u" وكما في لفظة "دين"، وعظيم, حيث قامت الياء بأداء الحركة "إي" i" "ي"، وكما في "موت" "بيت" و"عليت" بمعنى كنت معتلًا، و"رضو "اسم" الإله، و"مو" بمعنى ماء، و"لى" بمعنى "لي"، و"ذى" بمعنى "هذا"، و"اتا" بمعنى "أتى"، وأمثال ذلك. غير أن هذا الاستعمال لم يكن عامًّا، وإنما كان خاصًّا يرد في بعض الكتابات. ونجد هذه الكلمات التي ذكرتها، خالية من الحروف المذكورة، في نصوص أخرى، مما يدل على أن هذه حالات كتابية خاصة، ولم تكن قاعدة عامة متبعة في كل الكتابات.
ومن مميزات القلم الثمودي أنه لم يتقيد باستعمال الخطوط العمودية للفصل بين الكلمات، ولهذا نجد الحروف والكلمات متصلة بعضها ببعض في كثير من الكتابات لا يفصل فاصل بينها. وقلما نجدها تستعمل بعض العلامات مثل النقط أو الخطوط الصغيرة لتحديد الجمل. ثم إنه أطلق لنفسه العنان في اتباع الجهة التي يسير عليها