أفادت الجزائر المجاهدة من فترات الهدوء النسبي لإعادة تنظيم أمورها داخليا وخارجيا. فقد توفي (قلج علي) سنة (١٥٨٧م) وانتهى بموته نظام (الباي لرباي). وأعقب ذلك نظام الباشوات (الثلاثيين) الذين يعينهم الخليفة العثماني لمدة ثلاثة أعوام. واستمر هذا النظام من سنة ١٥٨٧ - حتى سنة ١٦٥٩م. ثم جاء نظام (آغة الهلاليين) الذي هو نوع من (الحكم العسكري الجماعي) الذي يؤلف (الديوان) والذي يحكم البلاد، ويسند الرئاسة التنفيذية لكبير الضباط الذي يدعى (الآغا) وذلك لمدة شهرين فقط ثم يتولاها غيره تحت رعاية (الباشا) الذي ترسله إستانبول من قبلها ممثلا للإمبراطور العثماني (الخليفة) وليس له مطلقا التدخل في شؤون البلاد الداخلية. واستمر هذا النظام من سنة ١٦٥٩ - حتى سنة ١٦٧١م. وأخيرا جاء نظام (الديوان - والباي) الذي استمر (١٦٠ عاما) أي من سنة (١٦٧١ - ١٨٣٠) عندما دخلت فرنسا الجزائر. وكان (الديوان العسكري) في هذه الفترة هو السلطة العليا: يعلن الحرب ويعقد معاهدات السلام. ويعين موظفي الدولة، ويحدد العلاقات بين دولة الجزائر والدولة العثمانية وبقية الدول. وهذا الديوان هو الذي ينتخب رئيس الدولة الذي يدعى (الداي) باللغة التركية، وله معنيان (الزعيم