بعد توقيع المعاهدة (الميثاق النازي - السوفيتي) في عام ١٩٣٩. وصدر قرار في العام نفسه باعتبار الحزب غير مشروع، في نفس الوقت الذي صدر الأمر بحل (حزب الشعب الجزائري)، الذي يتزعمه (مصالي الحاج) وشرع يعمل سرا.
عندما انتهت الحرب، وأطلق سراح الشيوعيين المسجونين أو الموجودين في معسكرات الاعتقال في الجزائر (في العام ١٩٤٤). واستأنفوا حياتهم السياسية من جديد. احتل الشيوعيون في فرنسا مكانتهم في ذروة القوة التي وصلوا إليها بعد الحرب بفضل الدور الذي مارسوه في حركة المقاومة السرية ضد الاحتلال النازي. وكان الحزب الشيوعي الإفرنسي لا يزال مركزا جهده الأساسي ضد النازية. وفي حزيران - يونيو - عام ١٩٤٤. كتب (أتيين فاجون) العضو الأوروبي في المكتب السياسي للحزب الجزائري في مجلة (الحرية) لسان حال الحزب، ما يلي:(يحاول هتلر، رغبة منه في إضعاف العون الذي يبذل للشعب الإفرنسي في هذه الدقيقة الحرجة، تقوية حملته الإذاعية العربية، داعيا الجزائريين، وأهل شمال أفريقيا إلى الانفصال عن فرنسا. ويقوم عملاء العدو هنا بالدعوة إلى الانفصالية في نفس الوقت الذي يثيرون فيه الأحقاد بين الأوربيين والجزائريين - وليست جماهير الشعب هي التي تنادي الآن بالاستقلال الذاتي بل جماعات الإقطاعيين وكبار أصحاب الملايين ورجال الاحتكارات)(*).