فمضى إلى القاهرة، حيث أقام مقر قيادة الحركة فيها. وتعاون مع لجنة تحرير المغرب العربي. وعندما حدث الانشقاق الخطير (الحركة الديموقراطية) انتاب القلق بن بللا وأمكن له تأمين الاتصال مع قادة التنظيم السري في الجزائر - عن طريق محمد بوضياف - ووضعوا معا خطة الثورة. وأظهر بن بللا خلال ذلك كله، قدرا كبيرا من الكفاءة التنظيمية، والقدرة على التأثير على الآخرين. وإليه يعزى الفضل في الحصول على شحنات كبيرة من الأسلحة من بعض الحكومات المترددة، ونقلها إلى المجاهدين في داخل الجزائر بمختلف الطرق والأساليب. وكانت البعثة الخارجية في العام ١٩٥٦، قد قطعت شوطا بعيدا في طريق الوصول إلى حل عن طريق التفاوض مع فرنسا، عندما اعتقل فجأة. فقد كانت طائرة مغربية تقل أعضاء البعثة إلى تونس لإجراء مشاورات نهائية في موضوع شمال أفريقيا، عندما أرغمت الطائرة - في عملية قرصنة جوية نظمتها المخابرات الإفرنسية - على تغيير خط سيرها، والتوجه إلى الجزائر حيث تم اعتقال (بن بللا) يوم ٢٢ - تشرين الاول - اكتوبر - ١٩٥٦. واعتقل معه المجاهدين حسين آية أحمد ومحمد بوضياف ومحمد خيضر، وقد استثارت عملية القرصنة الإفرنسية أحرار العالم، وبصورة خاصة دولتي تونس والمغرب. وعلى الرغم من كل الاحتجاجات، فقد مضت فرنسا في مخططاتها العدوانية، وظنت أن اعتقال زعماء الثورة، سيتيح الفرصة أمامها لتدمير الثورة ذاتها. غير أن قيادة جبهة التحرير وجيش التحرير عملتا على تصعيد الصراع. وعندما عقدت قيادة الثورة مؤتمر الصومام،