وجد نفسه في أوضاع غير مرضية، لكونه اختلف مع عمه الإمبراطور حول سياسته بإيطاليا. كما اصطدم بمعارضة العسكريين بالجزائر لسياسته التي تؤيد بصورة مطلقة إتجاه المعمرين الأوروبيين الذين يرون أن الجزائر فتحت بالقوة، ومن حقهم أن يطردوا لذلك الجزائريين من أراضيهم وممتلكاتهم، ليستولوا عليها ويتقاسموها. وقد أكد (ماكماهون) بأن الأمير وإن كان قد درس جميع الوسائل الاستعمارية في الأمريكيتين، إلا أنه رغم ذلك لم يكن يحسن (فهم المعضلة الجزائرية). ولم يكن يضع في اعتباره حساب مليونين ونصف مليون من الجزائريين الشجعان (الذين صمموا على القتال دفاعا عن استقلالهم ودينهم). وأوضح أن السلطات الإفرنسية بما تنشره - صحافتها - من سباب وإهانات للجزائريين قد أسهمت بدفعهم للثورة الدائمة. وأن الأمير لم يعمل على إيقاف ذلك بالرغم من إلحاح القيادة العسكرية وضباط الشؤون العربية عليه في ذلك. كما أوضح (ماكماهون) بأن الذين كانوا ينشرون مقالات الطعن والسباب ضد الجزائريين معظمهم من المنفيين المعارضين لسياسة الإمبراطور وحكومته. وبنتيجة هذه المشاكل كلها، اغتنم الأمير جيروم فرصة ذهابه إلى إيطاليا لعقد قرانه على ابنة ملك سردينيا، فأعلن من هناك تنازله عن منصب وزارة الجزائر والمستعمرات يوم ٧ آذار - مارس - ١٨٥٩ فتم تعيين (الكونت شاسلو لوبا) بصورة رسمية في مكانه، وتعرض هذا بدوره لعداء العسكريين، وانتهى الأمر بإلغاء هذا النظام تماما. وتم بدلا عنه تشكيل الحكومة العامة للجزائر في كانون الأول - ديسمبر - ١٨٦٠ تحت رئاسة القائد العام للقوات البرية والبحرية، والذي كان عليه الاتصال مباشرة بالإمبراطور في الأمور السياسية تحت مراقبة وزير الحربية، على أن يكون إلى جانبه مجلس