قوم من المتأخرين"، "وقد احتج بعض المتأخرين"، "فقد قال قوم من المتأخرين في القرون المذمومة"، والشافعية، والأحناف الذين ينسبهم أحيانًا إلى العراق.
وقد يخالف حتى شيخه القاضي إسماعيل، ومن ذلك قوله: "وقد أنكر القاضي إسماعيل {مِنْ فَتَيَاتِكُمُ الْمُؤْمِنَاتِ} أسلمن، لأن اللَّه تعالى يقول:{مِنْ فَتَيَاتِكُمُ الْمُؤْمِنَاتِ}، فاستغنى بذلك، وهذا مما لا ينبغي أن ينكره، مع علمه باللغة واتساعه فيها.
فدائرة الخلاف عند القاضي بكر واسعة شملت حتى المالكية "الخلاف الصغير" وشيخه الذي يختصر كتابه. وفي هذا دليل على الاستقلال والتجرد والتزام الاهتداء بالدليل دون سواه.
وفي أسلوب الخلاف، قد يُغلظ القاضي أحيانًا لمخالفه في العبارة على دأب الخلافيين، فيقول مثلا ردًا على الشافعي وأبي حنيفة:"وإنما غلط هؤلاء القوم لما تركوا القرآن، وعدَلوا إلى القياس، ولو تدبروا القرآن لكُفينا التعب معهم".
وقوله يَرُدُّ قولًا حُكي عن أبي ثور:"وقد قال بجواز ذلك بعض المتكلفين للعلم، من القرون المذمومة". وقوله يرد قولًا ينسب لأحمد وإسحاق:"وزعم بعض المتكلفين للعلم". وقد يلين فيقول:"وقد قال الشافعي -رضي اللَّه عنه- محتجًا. . . ".
ومن أكثر أساليب الخلاف تكرارًا في الكتاب، أسلوب الفَنْقَلَة "فإن قيل: كذا، قلنا: كذا"، وأسلوب الاستفهام الإنكاري:"ألا ترى إلى كذا؟ "، "ألا تراه يقول كذا؟ "، وهي من الكثرة بمكان، فلا أطيل بالتمثيل لها.
ويتلازم مع الخلاف الفقهي، منهج التعليل الفقهي للأحكام، وهو سمة بارزة في الكتاب، فيعمد القاضي في الاستدلال والاحتجاج والرد على المخالف وإقناعه، إلى تعليل وتسويغ الحكم وتدعيم الاستدلال بكل ما يمكن