ويؤكد الدكتور أنيس صايغ- وهو كاتب مسيحى لبنانى- في كتابه الفكرة العربية في مصر- ص ٩٨) أن الأقباط تحالفوا مع الفرنسيين وتجسسوا لصالحهم على حساب الشعب وتنكروا لحق المشاركة القومية.
وأنهم انحازوا إلى نابليون وزودوا جيشه بالرجال والعتاد وكان لهم اليد اليمنى في دعم الحكم الحكم الانجليزى في مصر وقد اقاموا الصلاة في كنائسهم يوم وصول الانجليز إلى مصر. وقال أن الأقباط "كانوا يبررون علاقاتهم مع عدو البلاد بحقهم في حفظ كيانهم وحقوقهم" وأشار الدكتور صايغ إلى زعامة المعلم يعقوب القبطى الذي عاون الفرنسيين واستحق انعام السلطة الفرنسية عليه بتعيينه قائدا للفرقة القبطية التابعة للجيش الفرنسي والذى رقي إلى رتبة جنرال وصاحب مشروع استقلال مصر عن العثمانيين المسلمين برعاية الغرب المسيحى هو أول من طلب بأن تكون مصر وطن مستقل عن العرب والأتراك وأن يعتبر مصر جزءا من أوربا وقد اضطر الجنرال يعقوب أن يسافر مع الفرنسيين مستجديا عطف فرنسا وبريطانيا.
وقد انطوت هذه الصفحة حتى جاء الاحتلال البريطانى فبدأت دعوة المصرية التي ترتبط بالماضى الفرعونى تبرز في حضانة الأقباط الذين بدأول يؤلفون الكتب ويصدرون عشرات الصحف التي تدافع عن الفرعونية والربط بين الماضى الفرعونى والقبطى كما أنشأوا عشرات النوادي والجمعيات والمدارس وفي مقدمتها جمعية التوفيق ١٨٧٢.
وقد بدأ عمل تاريخى لاعادة دراسة التاريخ المصري وايضاح أثر الأقباط فيه وكان لظهور الآثار المصرية واتساع نطاقها أثر في دعم هذا الاتجاه التاريخي والقول بأن الحضارة المصرية القديمة هى أولى حضارات العالم القديم.
وقد كانت أهم هذه الأبحاث ما يتعلق بتصوير الروابط بين الفرعونية والقبطية وبين اللغة الهيروغليفية واللغة القبطية.
وقد صور (مرقص سميكة) كيف حافظ الأقباط على تاريخ أجدادهم بمحافظتهم على اللغة المصرية القديمة وكيف "أن اللغة التي تستعمل في لقامة الشعائر الدينية عند الأقباط هى نفس اللغة التي كان يتكلم بها الفراعنة، وقد أدخل عليها طائفة من الألفاظ اليونانية, وقال أنه لولا المحافظة على لغتهم الأصلية لما تمكن شامبليون من قراءة وترجمة الكتابة المنقوشة على حجر رشيد الموجود الآن بالمتحف البريطانى، وقال أن لفظ قبطى معناها مصري وهى محرفة من اللفظة اليونانية Stguttlions وقال: لذلك فان جميع المصريين: بعضهم أقباط مسلمون والبعض مسيحيون وكلهم متناسلون من المصريين القدماء.
وقد جرت أحكام كثيرة من هذا النوع، ليست قائمة على الأساس العلمى وانما قائمة على التعصب. ولقد بلغ هذا الأمر حدا دفع مثل أحمد زكى باشا إلى أن صحح الأوضاع حتى يذود التعصب والطائفية وكانت دعوته مثلا جرى على الألسنة: وهى قوله: "مصريون قبل كل شئ" غير أن جرجس عوض جبهة بدعوة أخرى مضادة هى "أقاط قبل كل شئ" واتخذ نفس أسلوب مرقص سميكة ودعواه.
وقد حمل دعاة الفرعونية القبطية في هذه الفترة الدعوة لفصل العرب عن مصر وهاجموا الحزب الوطنى واشادوا بالاحتلال البريطانى.