وفى مذكرات الشيخ الظواهرى أشار إلى ظروف تعيين شيخ الأزهر (أواسط عام ١٩٢٧) بعد وفاة الشيخ أبو الفضل الجيزاوى. وتدخل اللورد لويد في شئون الدين ونصيحته بتعيين الشيخ المراغى.
وقد أثار الظواهرى شبهات كثيرة وكان خصها للمراغى وعلى خلاف دائم معه خلال فترة تبادلهما تولى مشيخة الزهر الواحد بعد الآخر في خلال فترة تمتد من عام ١٩٢٧ إلى عام ١٩٣٥.
وكما وقع الخلاف بين الشيخ محمد عبده - ولم يكن شيخا للأزهر - وبين الشيخ سليم البشرى شيخ الأزهر حول أصلاح الأزهر وتجديده. فقد صنع الاستعمار محورين في الأزهر: أحدهما المراغى (٢٢ أغسطس عام ١٩٤٥) داعية اصلاح الأزهر والرجل الذي يدين بمذهب محمد عبده وأبن تيمية في مفاهيم الاصلاح وتحريره من الزيوف والبدع وبين الظواهرى (١٣ مايو ١٩٤٤) صديق الملك فؤاد والرجل الصوفى المعروف بمحبته للأولياء والمؤمن بروح الأزهر التقليدية. وقد تولى المراغى شيخا للأزهر على كره من الملك فؤاد ثم قدم مذكرته في أصلاح الأزهر، وكان لها ضجيج فلما أحس بمعارضتها من جهات متعددة كانت لا ترغب في تطوير الأزهر قدم استقالته، هنالك ولى الظواهرى هذا المنصب وأتيحت له الفرصة لأن يتحقق على يديه تنظيم للأزهر في صورة الأنظمة الحديثة.
ويقتصر مفهوم الاصلاح عنده إلى حد تهذيب الكتب وطرق التدريس. غير أن عهده وقد اقترن بظروف سياسية حادة فاضطر إلى أن يواجه ثورة أزهرية ضخمة كانت تطالب بعودة المراغى، فلم يبث أن استقال وعاد المراغى إلى الأزهر مرة أخرى.
ولقد حاول الشيخ الظواهرى في مذكراته أن يصور الشيخ المراغى بأنه صديق الانجليز لأنه أمضى مدة طويلة من حياته في القضاء الشرعى في السودان "وكان طبيعيا أن تنشأ الألفة والمودة بينه وبين كبار الموظفين البريطانيين وساستهم في ذلك القطر الشقيق".
وأنه "هذه الفترة الطويلة التي قضاها الشيخ المراغى قاضيا في السودان قد مهدت له الفرصة الواسعة لكى يتعرف على عقلية هؤلاء الانجليز ويتفهم مشاربهم ومقدار تفكيرهم وحكمهم على الأشياء فلقد تصادقوا، ولقد جلس وتناقش معهم فتبادلوا المودة وأرتاح كل منهم للآخر". وأشار الظواهرى إلى أن "المراغى" قد اشتهر عند الانجليز بسعة العقل والفكر وذلك "عندما أفتى ابان الحرب العالمية الأولى وكانت تركيا قد أعلنت الحرب وقتئذ على بريطانيا بأنه لا مانع من محاربة المسلم لأخيه المسلم. فقد كانت هذه الفتوى من أسباب استقرار النظام حينئذ في السودان".
وأشار الظواهرى أيضا إلى أن الشيخ المراغى الذي رشحه الانجليز كان منذ تخرجه قد ترك الأزهر فنسيه زملاؤه الأزهرين لأنه لم يجلس معهم للتدريس على الكراسى المقامة بجوار الأعمدة ولم يتخرج أحد من الطلبة على يديه.
وذكر الظواهرى أن عودة المراغى للمرة الثانية إلى الأزهر كانت بسعى ألانجليز أيضا وأن ذلك ابان مرض الملك فؤاد اذ طلب مايلز (لامبسون) السفير البريطانى تعيين المراغى شيخا للأزهر، وتساءل عن الدوافع لرغبة الانجليز في عودة المراغى للأزهر، "أعلان ذلك صراحة في الجرائد مع أن هذا المنصب، منصب دينى ولم يسبق تدخلهم فيه بهذا الشكل الظاهر" وأشار الظواهرى إلى أن الأزهر قد زج به في خصم السياسة الحزبية فيما عدا تدخل الأحزاب والمندوب البريطانى في اختيار شيخ الأزهر وذلك "عندما، تألفت في الأزهر لجان للوغد وأخرى للأحرار الدستوريين، فانصرف الطلبة بالسياسة عن الدرس وعن التحصيل والتفقه في الدين وشغلوا بالنقاش السياسى والتهريج السياسى والدعاية السياسية" أ. هـ.
وفيما يتصل بالسياسة وموقف الأزهر من الملك، أخذ على علماء الأزهر أنهم أيدوا رغبة الملك فؤاد في مطعمه بالخلافه وعقدوا مؤتمرا هاما لتأييد تنصيب الملك فؤاد خليفة للمسلمين بالرغم مما قد يتعارض مع مفهوم الحاكم وأهليته لمثل هذا المنصب الإسلامي الكبير مما عد أنه تأييد من الأزهر لحاكم مستبد.