على كمية كبيرة من الوثائق المصنفة التي تشير إلى أنه حتى قبل ١١ سبتمبر كان قد تم وضع ١٤٠ إسرائيلياً آخر قيد الاعتقال والاحتجاز، وأن ذلك قد تم ضمن تحريات سرية للاشتباه بأنهم يتجسسون لمصلحة إسرائيل في أمريكا.
اما التحقيقات التي جرت بعد الأحداث فقد قادت إلى إلقاء القبض على عشرات الإسرائيليين العاملين في أكشاك صغيرة داخل مراكز تجارية؟، اعتبرت واجهات لممارسة نشاطات إسرائيل التجسسية، والمثير جداً في هذا الصدد أنه بعد أن أوردت صحيفتا واشنطن بوست ونيويورك تايمز نبأ اعتقال أشخاص إسرائيليين، بتهم تتعلق بالهجرة في نوفمبر عام ٢٠٠١م، بدأت هذه العربات التي تعمل كأكشاك صغيرة بالاختفاء من مواقع انتشارها. وباختصار غير مخل يقول ضابط كبير ممن يشرفون على التحقيقات لفوكس: إن حكومة الدولة تقوم بأعنف حملة تجسس ضد الولايات المتحدة الأمريكية أكثر من أي دولة حليفة لأمريكا. في تلميح مباشر للتورط الإسرائيلي في القيام بنشاطات تجسسية فوق الأراضي الأمريكية.
وتجدر الإشارة هنا إلى أن مكتب أمن الاتصالات في جهاز المباحث الاتحادية وضع تقريرا أشار فيه إلى أنه تم تحديد عدد من ثغرات الاختراق لأجهزة الكمبيوتر بالمكتب، وهي نقاط صممت بحيث تتيح لعملاء دولة أجنبية دخول نظام المعلومات، المركزي والاطلاع على محتويات الملفات، التي يتضمنها النظام. وهنا تلزم الإشارة إلى أن عمليات المراجعة الأمنية في أعقاب هجوم الحادي عشر من سبتمبر، قد كشفت عن أن الأجهزة والبرامج التي استخدمها مكتب التحقيقات الاتحادية آنذاك، تضمنت برامج مستوردة من شركة (كومفيرس أنفوسيس) الإسرائيلية، وأن تلك البرامج تضمنت نوافذ سرية يمكن لخبراء الشركة المنتجة، وهم أصلاً من صمموها، استخدامها للاطلاع على محتوى الملفات والبيانات بأجهزة المكتب من دون أن يتمكن خبراء الأمن في المكتب من رصد تلك النوافذ بسهولة. وبعد الكشف عن تلك الثغرات ألقي القبض على عدد من الإسرائيليين، وتم ترحيلهم من الولايات المتحدة، وتردد أن مسئولا عسكريا إسرائيلياً، وضع أيضاً رهن الاعتقال وحقق معه، ثم أعيد إلى إسرائيل، وبذل خبراء المكتب جهدا كبيرا لسد الثغرات، إلا أنهم وضعوا تقريرا قالوا