لقد حوت المكتبة الإسلامية الكثير من النسخ الخطية لهذا الكتاب القيم، وإن كانت تختلف في جودتها، ووضوحها، واستكمالها، وبعدها أو قربها من مؤلفها، وإليك بيانًا ببعض تلك النسخ:
١- نسخة "المكتبة الظاهرية" بدمشق حرسها الله وأعاد مجدها حصلنا عليها بواسطة الأستاذ الشيخ عبد القادر أرناؤوط، فجزاه الله خيرًا، ورمزنا لها بالحرف (أ) وجعلناها أصلًا وهي نسخة كاملة، وواضحة الخط، وعليها بعض الحواشي، والتعليقات وافق الفراغ منها بالقدس الشريف في المدرسة الصلاحية يوم الثالث عشر من شوال، من شهور سنة خمسة وعشرين وثمانمائة هجرية، وهي بخط سليمان بن أحمد بن سليمان الحدادي القرشي، الجزء الأول منها برقم خاص (٤٠) ورقم عام (٤١٣) تفسير، وعدد صفحاته (٢٢٣) ورقة من الفاتحة إلى آخر سورة الكهف، والجزء الثاني برقم خاص (٤١) ورقم عام (٤١٤) تفسير، وعدد صفحاتها (٢٠٥) ورقة من سورة مريم إلى الناس.
٢- نسخة "مكتبة الحرم المكي الشريف" برقم عام (٢٨٣) ورقم خاص (٢٥٧) ، وهي نسخة واضحة ومتكاملة، ومتأخرة في النسخ عن نسخة الظاهرية ورمزنا لها بالحرف (ب) وتقع في مجلدين، وتنتهي بنهاية النصف الأول من القرآن الكريم، ولذا أكملنا النقص من نسخة أخرى في مكتبة الحرم أيضًا برقم (٧١٣) تفسير في مجلدين، والثاني منهما يقع في (٢٥٨) ورقة.
٣- وقد حوت المكتبة المركزية لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية في مدينة الرياض العديد من النسخ الخطية بعضها مرمم والبعض الآخر ناقص.
فالنسخة الأولى: برقم (١٦٩٦) أولها (بسم الله الرحمن الرحيم، قال الشيخ الإمام الأجل السيد ناصر الحديث ركن الدين أبو محمد الحسين) .
وجاء في نهايتها:(وقع الفراغ في تتميم هذه النسخة في غرة شهر رمضان سنة ثمان وأربعين ومائة بعد ألف) .
عدد أوراقها ٥٠٤.
والثانية: برقم (٣٦٢٩) جاء في أولها: (بسم الله الرحمن الرحيم رب يسر واعن يا كريم، أخبرنا الشيخ الإمام عفيف الدين أبو علي الحسن بن ملجد بن إبراهيم المريدي رحمه الله قال:-