يتلخص منهجنا في إخراج هذا التفسير الجليل في الخطوات التالية:
ا- إخراج نص التفسير على ما يغلب على الظن أنه نص المؤلف، وذلك باعتماد إحدى النسخ أصلًا في التحقيق، لاعتبارات تذكر في حينها، ومقارنتها مع نسخة (ب) بحيث يعتمد نص الأصل، وإذا تيقنا من أن الصواب في غير الأصل لعبارة أو كلمة أثبتنا الصواب، وأشرنا في الحاشية عند الحاجة إلى ذلك، إذ كثيرًا ما نجد فروقًا طفيفة في بعض الكلمات أو الحروف مما لا يؤثر على المعنى، فقد نجد في نسخةٍ العطف بالفاء وفي بعضها بالواو مثلًا، فلم نجد حاجة للإشارة إلى ذلك لئلا نثقل الكتاب بكثرة الهوامش التي لا ضرورة لها، ولئلا يتضخم حجم الكتاب.
٢- عزو الآيات القرآنية الكريمة التي يستشهد بها المؤلف في التفسير، وتمييزها عن الآيات المفسرة بأقواس مختلفة.
٣- تخريج الأحاديث النبوية بكاملها تخريجًا تفصيليًا بالعزو إلى الكتاب والباب والجزء والصفحة والرقم في بعض الكتب، تسهيلًا للفائدة وتسهيلًا للرجوع إلى كل الطبعات عند اختلافها.
فإن كان الحديث في الصحيحين، أو في أحدهما، اقتصرنا في العزو إليهما، لأن العزو إليهما مُعْلِمٌ بالصحة لأن الأمة قد تلقتهما بالقبول، وأما إن لم يُخَرَّج الحديث فيهما فنخرجه من سائر الكتب الأخرى. كالسنن، والمسانيد، والمصنفات، وننقل حكم العلماء والنقاد والمحدثين على الحديث، كالحافظ ابن حجر، والمنذري والهيثمي، والبوصيري، وغيرهم، والأحاديث الضعيفة أو الموضوعة- وهي قليلة- ننقل الحكم عليها وسبب علتها بالتفصيل.
وسواء أكان الحديث في الصحيحين أم في غيرهما، وقد أخرجه المصنف في كتابه "شرح السنة" فإننا نشير إلى موضعه، وقد أفدنا من ذلك في تصحيح كثير من التصحيفات في رجال السند بخاصة، كما أن العزو إليه يسهل معرفة رأي البغوي في الحديث ومعناه.
٤- عزو أسباب النزول والروايات المختلفة في نزول الآيات إلى مظانها من كتب الحديث وكتب أسباب النزول، أو كتب التفسير الأخرى، كالدر المنثور، والطبري، وابن كثير.
٥- قد تدعو الحاجة إلى تعليق أو تعقيب على بعض المواطن في التفسير لبيان رأي مرجوح، أو