بين علي بن عيسى وبينه لأجل نصر القشوري ووقع بينه وبين الشبلي وغيره من مشايخ الصوفية، وكان يقول قوم إنه ساحر وقوم يقولون إنه مجنون، وقوم يقولون له الكرامات واختلفت الألسنة في أمره حتى أخذه السلطان وحبسه وقصده حامد بن العباس الوزير وأحضر قاضي القضاة أبا عمرو ومحمد بن يوسف والأئمة وتكلموا معه فقال له القاضي: أنت مباح الدم وكتب خطه والجماعة بذلك بأمر الوزير ورفع إلى الخليفة فبرز التوقيع بعد يومين بضربه ألف سوط، فإن مات وإلا جز رأسه فأخرج إلى رأس الجسر وضرب ألف سوط فما تأوه وقطعت يده ثم رجله وجز رأسه وصلب وأحرقت جثته. وآخر ما تكلم به وهو يقتل: حسب الواجد أفراد الواحد له. فما سمع كلامه أحد من المشايخ إلا رق له. وقال قبل ذلك: يا معين الضنا على أعني علي الضنا، ثم خرج يتبختر في قيوده ويقول:
نديمي غير منسوب إلى شيء من الحيف … سقاني مثل ما يشرب كفعل الضيف بالضيف
فلما دارت الكأس دعا بالنطع والسيف … كذا من يشرب الراح مع التنين في الصيف
ثم قال:"يستعجل بها الذين لا يؤمنون بها والذين آمنوا مشفقون منها ويعلمون أنها الحق" ثم ما نطق بعد ذلك حتى فعل به ما فعل. ومن شعره لما أخرج ليقتل أنشد: