مكانة كبيرة عند الخليفة، وسرعان ما وقع/ نزاع بين العالمين. ولما رأى الشافعى أن الوقت لم يحن بعد ليقف موقف المعارض لآراء الشيبانى ترك بغداد سنة ١٨٨ هـ/ ٨٠٤ م وذهب عن طريق حرّان والشام إلى مصر. وقد استقبل والى مصر الشافعى فى مصر باعتباره تلميذا لمالك آنذاك، ولكنه اضطرّ سنة ١٩٥ هـ/ ٨١٠ م أن يهاجر من مصر إلى بغداد، وفى بغداد اشتغل بالتدريس ونجح فى ذلك نجاحا كبيرا.
وفى سنة ١٩٨ هـ/ ٨١٤ م عاد الشافعى إلى مصر مرة أخرى بصحبة عبد الله بن موسى- ابن والى مصر الجديد- وكان يقدر الشافعى ويحترمه كثيرا. وقام الشافعى سنة ٢٠٠ هـ/ ٨١٥ م بالحج إلى مكة ثم عاد إلى مصر، وتوفى بالفسطاط سنة ٢٠٤/ ٨٢٠ ودفن فى مقبرة فى سفح جبل المقطم.
وعلى العكس من أبى حنيفة ومالك فقد عدّ الشافعى نفسه مؤسسا لمذهب جديد. وكان يقف جامعا بين مذاهب «الرأى» عند أبى حنيفة. ومذهب أهل الحديث عند مالك. ويعد الشافعى مؤسس علم «أصول الفقه» وأعطى «للرأى» مجاله فى حدود معينة بتمسكه بمبدأ «القياس».