لعل أهم مشكلة تعترض التعامل بعقد السلم هي تحديد الثمن، وعلى الرغم من أن السعر في تعامل البنوك في السودان مع المزارع تحدده لجنة من اتحاد المصارف واتحاد المزارعين، قد يرتفع السعر عند حلول الأجل، فيقع النزاع بين الطرفين، وقد حدث هذا أكثر من مرة فعالجته هيئة الرقابة الشرعية بإدخال البند الثامن في عقد السلم – بند إزالة الغبن – الذي وافق عليه المزارعون والبنوك.
والمشكلة الثانية هي مشكلة عدم تمكن المزارع من الوفاء بالتزاماته، بسبب شح المحصول، وقد وضع البند السابع في عقد السلم لحلها.
والمشكلة الثالثة هي عدم وفاء المزارع بالتزاماته مع يساره، ووجود المحصول، وقد وضعت الهيئة البند الخامس في العقد لعلاج مثل هذه الحالات.