إن أهم العقبات التي تواجه صندوق التضامن الإسلامي هي عملية التمويل الثابت والمستمر لميزانيته السنوية، فقد اعتمد الصندوق منذ نشأته وحتى الآن على مصدر أساسي واحد في توفير الموارد لميزانيته، ألا وهو التبرعات التي تجود بها بعض الدول، وقد ثبتت خطورة اعتماد الصندوق على مصدر واحد للتمويل فور عدم انتظام تلك الدول تقديم تبرعاتها الطوعية للصندوق؛ إذ تدنت موارده للسنة المالية ٨٤ / ١٩٨٥ إلى ١٥١٦٨٤ دولارا، مما جعل المجلس الدائم للصندوق يقرر إلغاء بعض بنود ميزانياته للسنوات الثلاث الأخيرة، وهي ظاهرة خطيرة تنال من سمعة صندوق التضامن الإسلامي الشيء الكثير.
وأصبح الصندوق، الذي تنظر إليه الدول والشعوب والجماعات الإسلامية نظرة إكبار وإجلال، بصفته المعبر بصدق عن تطلعاتها في الوحدة والتضامن، أصبح هذا الجهاز عاجزا في الآونة الأخيرة عن تحقيق الأهداف السامية التي أنشئ من أجلها.
إن الأمانة العامة لمنظمة المؤتمر الإسلامي، والمجلس الدائم لصندوق التضامن الإسلامي قاما باتخاذ الخطوات الإجرائية لإنشاء الوقفية الخاصة بالصندوق. وهي فعلا قائمة من الناحية القانونية والإدارية، بعد أن تمت المصادقة على نظامها الأساسي، كما تم تنفيذ الكثير من بنوده الإجرائية، مثل تشكيل هيئة نظار الوقفية، وتكوين نواة للجهاز التنفيذي للاضطلاع بالمهام العاجلة التي تتطلبها المرحلة الحالية لمسيرة الوقفية. وقد حرص المجلس الدائم كذلك على استثمار القدر اليسير من رأسمال الوقفية لدى البنك الإسلامي للتنمية.