ثم انتخب بالإجماع ثلاثة نواب للرئيس وهم:
- معالي السيد عبد الرحمن باه: وزير الشؤون الدينية بجمهورية غينيا.
- فضيلة الدكتور عبد الله إبراهيم: رئيس قسم الشريعة بكلية الدراسات الإسلامية بماليزيا.
- وسعادة الدكتور عبد السلام العبادي: وكيل وزارة الأوقاف وشؤون المقدسات الإسلامية بالمملكة الأردنية الهاشمية.
وبعد الفراغ من هذه الخطوات التنظيمية تولى المؤتمر انتخاب هيئة مكتب المجمع مراعيا في ذلك التوزيع الجغرافي للعالم الإسلامي وهي متكونة من ستة أعضاء يمثلون كل من: تركيا وباكستان ومالي والسنغال ودولة الكويت والجزائر.
واتفق الحاضرون على تكوين الشعب التي نص عليها النظام الأساسي للمجمع وبذلك تكونت ثلاث شعب وهي كالتالي:
- شعبة التخطيط والترجمة.
- شعبة الدراسات والبحوث.
- وشعبة الإفتاء.
وتولى الحاضرون بعد ذلك استعراض اللائحة التنفيذية للمجمع التي أعدها الأمين العام طبقا للنظام الأساسي وبعد مناقشتها مناقشة مستفيضة وإدخال التعديلات اللازمة عليها أقرها المجلس وبخصوص المواد المتعلقة باختصاصات الشعب رأى المجلس تفويض الأمر فيها إلى أعضاء الشعب أنفسهم للنظر فيها زيادة وتعديلا وتنقيصا.
وخصص المؤتمر جلسات يوم ٢٧ صفر ١٤٠٥هـ الصباحية والمسائية لاجتماعات الشعب الثلاث وهي:
- شعبة التخطيط واختارت الدكتور عبد اللطيف فرفور رئيسا. والأستاذ إبراهيم بشير الغويل مقررا.
- شعبة الدراسات والبحوث واختارت الدكتور حسن الترابي رئيسا، والدكتور محمد شريف أحمد مقررا.
- شعبة الإفتاء واختارت فضيلة الشيخ عبد العزيز محمد عيسى رئيسا، والأستاذ محمد ميكو مقررا.
وقد استعرضت هذه الشعب في جلساتها المنفصلة الصباحية المواد التي تخصها في اللائحة التنفيذية. وأجرت تعديلات وإضافات عليها في ضوء المناقشات التي دارت بين أعضائها كما ضبطت المنهج والخطة التي تلتزم اعتمادها في سير عملها.
وفي الجلسة المسائية التأمت الشعب الثلاث في اجتماع مشترك نسقت فيه بين نشاطها وأعمالها وانتهت إلى قرارات "ملحق ٢".
وعقدت هيئة المكتب يوم ٢٨ صفر ١٤٠٥هـ اجتماعا للنظر في ميزانية المجمع طبقا للنظام الأساسي. وبعد المناقشة والتعديل عرضت الهيئة الميزانية على المجلس.
وفي الجلسة المسائية وبعد الفراغ من مناقشة تقارير اللجان وزعت على الأعضاء قائمات بأسماء الباحثين والدارسين والخبراء والمحققين.