يمر مريض الإيدز بثلاث مراحل أساسية يمكن اختصارها بالآتي:
أولاً- مرحلة التقاط العدوى: وهي المرحلة التي يدخل فيها فيروس الإيدز الجسم دون ظهور أية أعراض مباشرة، ولكن تحدث في الجسم عمليتان هامتان: يبدأ الجسم بتكوين الأجسام المضادة بعد فترة تمتد من أسبوعين إلى ستة أشهر، ولا تكفي هذه الأجسام المضادة لوقف نشاط الفيروس، لكنها تساعد في عملية تشخيص الإصابة بالعدوى. وتتجلى خطورة هذه المرحلة في الفترة الممتدة ما بين التقاط الإنسان للعدوى وظهور الأجسام المضادة في دمه تتفاوت بين شخص وآخر بحيث يكون المصاب معدياً لغيره رغم كون نتائج التحليل المبكر لدمه سلبية، وفي بعض الحالات تكون بداية العدوى مصحوبة بالحمى وبأعراض عصبية تظهر خلال أسبوعين أو خمسة أسابيع من تاريخ التقاط الفيروس. وتشمل هذه الأعراض نوبات صرع أو شلل مؤقت، نظراً لأن الجهاز العصبي للإنسان يتأثر بالفيروس في مرحلة مبكرة جداً.
ثانياً- مرحلة الحضانة وحمل المرض: وهي المرحلة التي لا تظهر فيها أية أعراض مرضية، والتي يمارس خلالها الفيروس غزوه للغدد اللمفاوية المساعدة ويستقر فيها. وقد تمتد هذه المرحلة من عام ونصف إلى خمسة أعوام أو أكثر، يكون الشخص خلالها معديا وتحليل دمه إيجابي. ويرى الأخصائيون أن هذه المرحلة قد تستمر عند بعض المرضى دون تطورها لأعراض مرضية كما هو الحال في بعض الدول الإفريقية. وحتى الآن لم تكتشف العوامل أو الأسباب التي تنقل المصاب من مرحلة الحضانة إلى مرحلة ظهور الأعراض.
ثالثاً- مرحلة الأعراض الجسدية: وتعرف بمرحلة التضخم الشامل والمستمر للغدد الليمفاوية، والتي تصحبها أعراض أخرى مثل الحمى والتعرق الليلي والإسهال المزمن ونقصان الوزن والإعياء العام والإصابة بالأمراض الانتهازية كالسلاق أو القلاع الذي تسببه فطريات الكانديدا والحلأ المنطقي الذي تسببه الفيروسات وغيرها من الأعراض. وتستمر هذه المرحلة من شهور إلى سنوات قبل أن تتطور إلى مرحلة الإيدز النهائية المميتة في معظم الأحيان.