يتألف المجلس الدائم من الأمين العام لمنظمة المؤتمر الإسلامي وثلاثة عشر عضوا من ممثلي الدول الأعضاء، ينتخبهم ممثلو الأمة الإسلامية خلال الدورات التي يعقدها مؤتمر وزراء خارجية الدول الأعضاء لمنظمة المؤتمر الإسلامي، والمجلس الدائم هو الجهة المسؤولة عن الصندوق ونشاطاته أمام المؤتمرات الإسلامية الدورية لوزارة الخارجية، ومهمته العمل على تحقيق أهداف الصندوق وتخطيط وإعداد البرامج والإشراف على تنفيذها من خلال الجهاز التنفيذي للصندوق.
٢- الجهاز التنفيذي للصندوق:
هو الجهاز الإداري الذي يعهد إليه بمهمة تنفيذ القرارات التي يتخذها المجلس الدائم للصندوق أو القرارات الصادرة عن مؤتمرات القمة الإسلامية أو مؤتمرات وزراء الخارجية. ويقوم الجهاز التنفيذي بأعمال أمانة الصندوق وحاسباته وكافة الأعمال الفنية للصندوق وشئونه المالية. وتحضير أوراق عمل دورات المجلس، والترتيبات اللازمة لإيصال المساعدات إلى مستحقيها.
٣- لجنة الطوارئ:
وهي لجنة ثلاثية مكونة من رئيس المجلس الدائم أو نائبه. والأمين العام لمنظمة المؤتمر الإسلامي أو ممثله، وممثل دول المقر (المملكة العربية السعودية) ، وتجتمع لجنة الطوارئ في حالة وقوع الأزمات والكوارث الطبيعية في إحدى الدول الإسلامية لتقرير ما يمكن أن يسهم به الصندوق للتخفيف من حدة تلك الأزمات والكوارث
٤- لجنة المتابعة:
وتتكون من الأمين العام لمنظمة المؤتمر الإسلامي أو ممثله، ورئيس المجلس الدائم أو نائبه، وثلاثة أعضاء يختارهم المجلس لضمان حسن تنفيذ قراراته.
٥- اللجان الفرعية:
وهي أربع لجان مختصة يعهد إليها بدراسة وفحص طلبات المساعدة التي ترد إلى المجلس الدائم، وهي كما يلي: