يعتمد الصندوق بصفة أساسية في تمويل ميزانيته السنوية علي التبرعات الطوعية التي تقدمها حكومات الدول الأعضاء، وعلى الهبات والمنح التي تقدمها الهيئات العامة والخاصة والأفراد المحسنين من الدول الإسلامية. ولذا كان الصندوق ولازال يفتقر إلى وجود مصدر ثابت لموارده، ولاسيما على المدى البعيد. وأصبح خلال السنوات الثلاثة الماضية يعاني من نقص خطير في موارده، الأمر الذي أصبح معه الصندوق عاجزا عن الوفاء بالتزاماته والقيام بمهماته تجاه الشعوب الإسلامية، وخاصة المستضعفين منهم من الأقليات والجماعات الإسلامية. لذا كان لزاما على المجلس الدائم أن يقترح على المؤتمرات الإسلامية الدورية الأخيرة للسادة وزراء خارجية الدول الأعضاء، فكرة إنشاء وقفية للصندوق تدر ريعا ثابتا، يضمن لميزانيته قدرا معقولا من الثبات والاستقرار، وقد تم إقرار إنشاء وقفية للصندوق برأسمال قدره مائة مليون دولار منذ المؤتمر الإسلامي الثامن للسادة وزراء الخارجية، كما تمت المصادقة على النظام الأساسي للوقفية خلال انعقاد المؤتمر الإسلامي الحادي عشر لوزراء الخارجية. وقد نص النظام الأساسي على أن أموال الوقفية مصونة باعتبارها وقفا شرعيا للغرض الذي أنشئ من أجله، وأن المجلس الدائم للصندوق هو الجهة المسئولة عن إدارة وتسيير شئون الوقفية ويتكون رأسمال الوقفية من المصادر التالية:
أ- الأموال السائلة التي توقفها حكومات الدول الأعضاء في منظمة المؤتمر الإسلامي، وكذلك الأشخاص الطبيعيون والاعتباريون في العالم الإسلامي.
ب- العقارات والأموال غير المنقولة التي توقفها الحكومات والأشخاص الطبيعيون والاعتباريون في العالم الإسلامي.
وقد تطوعت بعض الدول الإسلامية مشكورة. كما أسهم من المحسنين في الدول الإسلامية في تمويل رأسمال الوقفية (انظر ملحق رقم١)
أهم إنجازات الصندوق:
إن صندوق التضامن الإسلامي، وهو يعمل على تأكيد وإبراز التضامن الإسلامي بين الدول والشعوب الإسلامية، تبنى بصفة خاصة المشروعات الإسلامية الهامة ذات الأثر الملموس على البنية الحضارية، ونشر الثقافة الإسلامية في المجتمعات التي تقام فيها تلك المشروعات.
وبإلقاء نظرة سريعة على محصلة النتائج لمختلف نشاطات صندوق التضامن الإسلامي، نلمس مدى فاعلية هذا الجهاز الإسلامي الجدير بالاهتمام على كافة مستويات الأمة الإسلامية، دولا وأفرادا، شعوبا وجماعات. ومرفق طيه جدول بالمساعدات التي قدمها المجلس الدائم لصندوق التضامن الإسلامي منذ بداية نشاطه وحتي الآن (انظر ملحق رقم ٢) . ومن خلال نظرة فاحصه ومخلصة أيضا لهذا الجدول أيضا لهذا الجدول يتضح أن صندوق التضامن الإسلامي تبوأ مكانة مرموقة على صعيد العالم الإسلامي، وأصبح محط آمال العديد من الدول الإسلامية، والمئات من الهيئات والمنظمات والجاليات والأقليات الإسلامية في جميع أنحاء العالم.