يختص مجلس الأوقاف الفرعي بالصلاحيات التي يحددها مجلس الأوقاف الأعلى بما في ذلك:
١- دراسة طلبات الاستبدال المتعلقة بالعقارات الأوقاف الخيرية الواقعة في منطقته، ثم رفعها بالرأي لمجلس الأوقاف الأعلى.
٢- اعتماد المشروعات المقترح تنفيذها من أموال الأوقاف الخيرية التي لا تتجاوز قيمتها مائة ألف ريال.
٣- دراسة المعاملات التي يرجع البت فيها إلى صلاحية مجلس الأوقاف الأعلى قبل عرضها عليه على أن يرفعها مشفوعة بنتيجة دراستها لها ورأيه فيها.
٤- وضع التقديرات المالية السنوية لواردات ومصروفات غلال الأوقاف الخيرية الواقعة في المنطقة على أن يرسلها إلى مجلس الأوقاف الأعلى قبل بداية السنة المالية بثلاثة أشهر على الأقل.