لوحظ اختلاف واضطراب بيّنٌ بين النسخ الخطية في إيراد المسائل العقائدية وطريقة عرضها، سيما المواضع التي لجأ فيها المصنف ابن قرقول إلى تأويل صفة من الصفات الذاتية أو الصفات الفعلية لله رب العالمين، وقد تقدم ذكر هذا في عقيدة ابن قرقول، ونعرض هنا لبعض الأمثلة التي ظهر فيها اختلاف النسخ الخطية في إيراد المسائل العقدية: فمن ذلك ما ذكره المصنف - رحمه الله -١/ ٣٠٣ في حرف الهمزة مع النون في آخره، في آخر فصل:(في بَيَانِ مُشْكِلِ إِنَّ وأَنَّ وإِنْ وأَنْ)، في قوله - صلى الله عليه وسلم -: "نُورٌ أَنَّى أَرَاه" فقال: (... لا يكون النور ها هنا راجعًا إلى الذات ولا إلى صفات الذات، ولا يكون بمعنى هو نور، ولا يفهم منه ما يفهم من الأجسام اللطيفة المنيرة، هكذا كله في وصف الباري محال يتنزه عن ذلك، وكذلك لا يجوز أن يعتقد أنه ينفصل منه نور ...).
هكذا جاء الكلام في النسخة (س)، عن "المشارق" - الأصل -١/ ٤٦، أما في (د، أ، ظ) فقد أُسقط هذا التأويل، والموضع ليس في (م، ش) فهما ناقصتان من أولهما، كما ذكرنا.
وعن نفس الموضع وفي حرف النون مع الواو ٤/ ٢٣٣ قال: (... وقد تقدم:"نُور أَنَّى أَرَاهُ" ولا يجوز أن يعتقد أن النور صفة ذات، ولا أنه نور بمعنى الجسم المشرق المنير فإن تلك صفات الحدوث) كذا العبارة في (أ، م) مؤولة مصروفة عن حقيقتها، فقط دون (س، د، ش) فقد أسقط منهن هذا التأويل، والموضع ليس في (ظ) فهي ناقصة من آخرها، كما تقدم.