رتب الحافظ الضياء كتابه على الموضوعات الفقهية، فقسم هذه الأحاديث إلى كتب فقهية، وهي: كتاب الطهارة، كتاب الصلاة، كتاب الجنائز، كتاب الزكاة، كتاب الصيام، كتاب الاعتكاف، كتاب الحج، كتاب البيوع، كتاب الوصايا، كتاب الفرائض، كتاب العتق، كتاب النكاح، كتاب الجنايات، كتاب الجهاد.
ربما قسم بعض هذه الكتب إلى كتب فرعية فذكر مثلاً في كتاب الطهارة: كتاب التيمم، وكتاب الحيض، وذكر في كتاب الصلاة: كتاب الجمعة، وكتاب العيدين، وكتاب الكسوف، وكتاب الاستسقاء، وذكر في كتاب النكاح: كتاب الطلاق وكتاب اللعان، وكتاب النفقات.
قسم بعد ذلك كل كتاب من هذه الكتب إلى أبواب فرعية -فأحسن التبويب وأجاد الترتيب- تقل هذه الأبواب وتكثر على حسب الأحكام الفقهية الفرعية في هذا الكتاب، وهذا بيان بتعداد الأبواب الفقهية لكل كتاب: كتاب الطهارة: (٢٠٣) باب، كتاب الصلاة (٥٣٩) بابًا، كتاب الجنائز (٦٣) بابًا، كتاب الزكاة (٦٣) بابًا، كتاب الصيام (٧٨) بابًا، كتاب الاعتكاف (٣) أبواب، كتاب الحج (١٤٤) بابًا، كتاب البيوع (١٢٩) بابًا، كتاب الوصايا (١٣) بابًا، كتاب الفرائض (١٩) بابًا، كتاب العتق (٢٢) بابًا، كتاب النكاح (١٢٤) بابًا، كتاب الجنايات (٩١) بابًا.
يختلف حجم الأبواب باختلاف عدد الأحاديث الواردة في كل باب قلة وكثرة، وقد رتب الحافظ الضياء الأحاديث في الأبواب الكبيرة ترتيبًا بديعًا، فذكر الأحاديث المتفق عليها أولاً، ثم ما رواه البخاري منفردًا بن عن مسلم، ثم ما رواه مسلم منفردًا به عن البخاري، ثم ما رواه غيرهما، وهذا هو منهجه في أغلب الكتاب، ولم يكن يقدم أحاديث غير الصحيحين على أحديثهما إلا إذا كانت أحاديث غير الصحيحين أوضح في الدلالة على حكم الباب من أحاديث