وكان أول عمل فكروا فيهِ هو إبعاد المشتغلين بالصحافة عن المشروع وانتخبوا سعادة سعد باشا زغلول وكيلا للرئيس - الذي يكونون قد اتفقوا عليه فيما بعد - وقاسم بك أمين سكرتيراً , وأصدروا أول منشور باسم الجامعة جاء فيهِ: إن المقصود هو إنشاء مدرسة علوم وآداب لك طالب مهما كان جنسه ودينه بدون مداخلة في السياسة. ويقتصر فيها على إلقاء دروس أدبية وعلمية وفلسفية تنوّر عقول الطالبين وتربي ملكاتهم وتهذب عواطفهم وتبلغ بهم الكمال في أنواع ما يتلقونه بها من العلوم.
مضى على هذه الجلسة شهران ولا شاغل للأقلام إلاَّ الجامعة وتنشيطها؛ ونهض لمعاكستهم نفر قالوا أنه لا يجب الإقدام على العمل ولا التشجيع عليهِ إلاَّ إذا صبغت الجامعة بالصبغة الدينية. ولكن هذا الرأي لم يصادف هوى من قلوب المشتغلين بالمسئلة. ثم عقدت الجلسة الثانية وأعلن فيها سعادة باشا زغلول تخليه عن المشاركة العملية في لجنة الجامعة لتعيينه ناظراً للمعارف وأكد أنه لا يفتر عن تعضيد المشروع. وألقى المرحوم قاسم بك أمين خطبة ضمنها خلاصة ما تم للمشروع في شهرين وهو:
أولاً - اهتم كثيراً في البحث يرئس اللجنة من الأمراء فلم يفلح ولذلك وقفت حركة الاكتتاب.
ثانياً - خاطب أحد أمراء البيت الخديوي في ن يكون رئيساً للجامعة فلم يقبل ولم يرفض