وانتصر حسين بن علي في الجولة الأولى، ثم هجم فرسان الجزائر من خلف واستولوا على المحلة (القتال وقع ليلا) وانهزم حسين بن علي، وأصابته رصاصة في فخذه وفر إلى القيروان، واستولى علي باشا على العاصمة، وبعث ابنه يونس لحصار القيروان ١١٤٩/ ١٧٣٦ - ١٧٣٧، وحاصرها أشهرا فلم ينل منها مراده، وأعاد حصارها في سنة ١١٥١/ ١٧٣٨ - ٣٩ مدة تسعة أشهر، ثم أعاد الكرة في شعبان /١١٥٢ نوفمبر ١٧٣٩، وغيّر خطته بما يحقق له النصر فاحتلها في ١٦ صفر ١١٥٣/ ١٣ ماي ١٧٤٠.وقتل عم والده حسين بن علي باي، وكان محمد الرشيد باي ابن حسين بن علي باي قد التجأ إلى الجزائر بعد قتل والده، وبعث مركبا لنقل أخيه محمود من سوسة، ثم زحفت جيوش الجزائر صحبة محمد الرشيد وعلي ابني حسين بن علي باي، واحتلوا الحصون والبلدان في طريقهم إلى أن وصلوا إلى العاصمة، وألقوا القبض على علي باشا، وتوفي قتيلا في اخر ليلة من ذي الحجة ٢٥/ سبتمبر.
كان عالما وشيخه الذي تخرج به هو محمد الخضراوي: قال ابن أبي الضياف في وصفه: «كان عالما شجاعا حازما مهيبا وقور المجلس، أبي النفس، عالي الهمة، مرهوب الحد، شديدا على العمال، محترسا من عسفهم، رادعا لعدواتهم، يحب أن يظلم وحده، ولا يحب أن يشاركه غيره فيه، جريئا على سفك الدماء لا سيما فيما يتعلق بالطاعة».ومن جسارته على سفك الدماء أنه لما استولى على الإمارة أشاع الرعب والخوف لأنه كان يسجن أو يقتل كل من اتهم بأن له صلة بأبناء عمه في الجزائر ولو مجرد سلام فضلا عن المراسلة، وقتل من كان متعاونا مع عمه من العلماء.
وعمل على نشر التعليم، وقد جمع من غرائب المؤلفات ما لم يجتمع لغيره من امراء تونس، ومن عنايته بذلك أنه بعث الشيخ أبا محمد حسن البارودي إلى استانبول، وأتاه بما لم يصل إلى المغرب من تآليف علماء الأتراك وعلماء الفرس كحواشي الكشاف وغيرها.
له دفع الملم عن قراء التسهيل بجلب المهم مما يقع به التحصيل،