اللجنة المالية المشهورة بالكومسيون المالي، كل ذلك دعا الوزير خزنه دار ومحمد الصادق باي إلى إعادة خير الدين إلى العمل والاستفادة من خبرته وتفكيره فسمي رئيسا للكومسيون المالي، ووزيرا مباشرا أي مباشرا لرئاسة الحكومة وشؤون الوزارة الكبرى مع بقاء مصطفى خزنه دار على لقب الوزارة الكبرى ملقيا بالنفوذ كله في يد خير الدين فتم ذلك في شعبان ١٢٨٦ جانفي ١٨٧٠، وسرعان ما دب الخلاف بين الوزيرين، ومن أهم أسبابه تصرفات الوزير خزنه دار على خلاف نظام قانون اللجنة المالية، وأدى هذا النزاع إلى استقالة خزنه دار وتولي خير الدين وزيرا أكبر عوضه في شعبان ١٢٩٠/ ٢٢ اكتوبر ١٨٧٣.وفي مدة وجيزة ظهرت سداد آرائه ونجاعة سياسته في رئاسة اللجنة المالية فإنه أمام قوة حججه في مجلس اللجنة تمكنت تونس من تسديد فوائض ديونها في آجال معقولة ومناسبة وتعرض ابن أبي الضياف لنجاح هذا المصلح في هذه المهمة الصعبة قائلا:
« ... إن هذه البلاد لها تيمن بخدمة هذا الوزير المنصف خير الدين الذي صار رئيسا للكومسيون وقد أعانها في شدائد وانقذها بنصحه من معضلات»(اتحاف اهل الزمان ٦/ ١٣٥).
ولنجاحه في رئاسة الكومسيون المالي كلفه محمد الصادق باي بمهمة توثيق الصلة بين تونس والدولة العثمانية وتحصل على فرمان من السلطان عبد العزيز ينظم العلاقات بين تونس والباب العالي فجازاه الباي بضيعة النفيضة (٠٠٠.١٠٠.٨ هكتار).
وكان لولايته الوزارة الكبرى رنة ابتهاج واستبشار في الأوساط الشعبية فأقاموا الاحتفالات المعبرة عن عواطفهم وفرحتهم في العاصمة وفي المدن كباجة وبنزرت وتوزر وصفاقس والقيروان.
وامتاز في وزارته بحسن التنظيم والكفاءة والاخلاص لمصالح البلاد وانجز كثيرا من الاصلاحات والمؤسسات الهامة التي بقي بعضها قائما حتى الآن منها المدرسة الصادقية، والخزانة العامة لأوراق الدولة، وإنشاء المكتبة الصادقية (العبدلية) الزيتونية وجمع الكتب المشتتة في المساجد فيها عدا ما