ومن أشهر شيوخ ابن عرفة في العلوم العقلية، أي في الحساب والمنطق خاصة، ابن الحباب، وأبو يعقوب بن اندراس، والآبلي، واستشهد بهم في مختصره المنطقي عدة مرات.
وقرأ على الفقيه الحافظ محمد بن سليمان السطي جملة من كتاب تهذيب المدونة قراءة بحث ونظر، وجميع كتاب أبي القاسم الحوفي في الفرائض قراءة بحث وتحقيق لأحكامه الفقهية وتصوير لاعماله الجزئية بأعماله الثلاثة العدد (الحساب)، والكليات، والجبر والمقابلة إلا يسيرا من آخر باب الولاء.
وسمع على الآبلي كتاب ابن الحاجب الأصلي قراءة بحث وتحقيق، وبمثل ذلك سمع عليه جملة من كتاب الارشاد لإمام الحرمين، وبمثل ذلك سمع عليه جمل الخونجي، وبمثل ذلك قرأ عليه الحساب والهندسة. وقرأ كتاب التيسير على أحمد بن عبد الله الأنصاري الرّصافي، وأجازه جميعه بسنده فيه. ومن شيوخه في الفقه محمد بن هارون الكناني، ومن شيوخه بالإجازة المعمر المسند شهاب الدين أحمد بن أبي طالب الحجار ابن الشحنة الصالحي الدمشقي أجازه في رواية صحيح البخاري باسناده فيه.
وكان شيخه الآبلي يثني عليه كثيرا ويقول: أنه لم ير ممن قرأ عليه مثله والشريف التلمساني. تخرج به طائفة كبيرة من علماء تونس، وغالب علماء القرن التاسع من تلامذته، ومن تلامذته ابن قنفذ القسنطيني الذي قال «وله مصنفات ارفعها المختصر الكبير في فروع المذهب قرأت عليه بعضه وأنعم بمناولته وإجازته. وزرته سنة سبع وسبعين وسبعمائة بدويرة جامع الزيتونة وجدته على حال من اجتهاد في العلم والقيام بالخطبة، ثم لقيته قبل وفاته بسنة وبه ضعف وبعض نسيان وبلغت امامته بجامع الزيتونة في بلده خمسين سنة».
وهو من رؤساء العلوم في القرن الثامن، قال طاش كبري زاده بعد أن ذكر جماعة منهم «ومحمد بن عرفة في فقه المالكية وفي سائر العلوم