ولما نالت البلاد التونسية الاستقلال، وفارق المتوظفون الفرنسيون المصالح الإدارية دعي من جانب الحكومة التونسية الجديدة لرئاسة «المعهد القومي للآثار والفنون» في سنة ١٩٥٧، وفي تلك الفترة نقلت مصلحة الآثار من محلها القديم «ساباط سوق الفكة» إلى دار الفريق (الجنرال) حسين الذي كان مقرا لقائد الجيش الفرنسي ولأركان الحرب بساحة القصر (أي قصر بني خراسان)، وبعد ترميم الدار جعلت مكاتب الإدارة بقسمها الأعلى، وقسمها الأسفل متحفا للفنون الاسلامية.
وفي مدة رئاسته للآثار تأسست خمسة متاحف أربعة منها للآثار الإسلامية «متحف علي بورقيبة» في رباط المنستير، ومتحف أسد «ابن الفرات» برباط سوسة، ومتحف «ابراهيم بن الأغلب» في القيروان، ومتحف دار حسين المتقدم الذكر، ثم مستودع الآثار الكلاسيكية القرطاجنية في بيت أحد أعيان الرومان بقرطاجنة واهدى لهذه المتاحف ما يملك من آثار وتحف.
وفي تلك المدة نشر فصولا كثيرة في مختلف الجرائد والمجلات العلمية عن الآثار بتونس، وحث أهل الاختصاص في هذا الشان لاخراج ما كتبوه بالعربية والفرنسية، كما كتب تمهيدات لنحو عشرة مؤلفات في شتى الأغراض الأثرية طلب منه مؤلفوها أن يقدمها للقراء.
ومن نشاطه التدريسي أنه درس من سنة ١٩٠٥ إلى ١٩٢٤ التاريخ بالمدرسة الخلدونية، ودرس نفس المادة بالمدرسة العليا للغة والآداب العربية بسوق العطارين بين سنتي ١٩٢٣ و ٢٤.
ونشر فصولا في مجلة «الجامعة» بتونس - السنة الأولى - عنوانها «نقل الحبيب إلى الأديب» ذكر في حواشيها تراجم كثير من أدباء أفريقية وغيرها كما نشر فصولا في التراجم عنوانها «صدور الأفارقة» من كتابه الكبير في الموضوع «كتاب العمر» شارك في مؤتمرات المستشرقين ابتداء من عام ١٩٠٥ في عاصمة الجزائر، وقدم بحثا عن الاستيلاء العربي بصقلية، وتعرف