سنة سبع وثمانين وأربعمائة ولي الأمر بعد أبيه بالديار المصرية وكان المتولي لتدبير دولته الأفضل أبو القاسم شاهنشاه بن بدر الجمالي أمير الجيوش.
وفي أيام المستعلي بأمر الله اختلفت دولتهم وضعف أمرهم وانقطعت من أكثر مدن الشام دعوتهم وانقسمت البلاد الشامية بين الأتراك والإفرنج وكتان مدبر دولته الأفضل أبو القاسم شاهنشاه بن بدر الجمالي أمير الجيوش وفي أيام المستعلي بأمر الله اختلفت دولتهم وضعف أمرهم وانقطعت من أكثر مدن الشام دعوتهم وانقسمت البلاد الشامية بين الأتراك والإفرنج وكان مدبر دولته الأفضل قد استولى على بيت المقدس في شعبان سنة تسع وثمانين وأربعمائة - كما تقدم - وكان الفاطميون يخافون من الإفرنج خوفاً شديداً فلا يطيقون مقاتلهم بخلاف الدولة الأيوبية.
فلما دخلت سنة تسعين وأربعمائة سار الإفرنج إلى الشام وأخذوا أنطاكية بعد أن حاصروها تسعة أشهر وملوكها في ذي القعدة وحصل بينهم وبين المسلمين وقعات وحروب وولى المسلمون هاربين وكثر القتل فيهم ونهب الإفرنج خيامهم وتقووا بأسلحتهم ثم سار الإفرنج إلى معمرة النعمان فاستولوا عليها ووضعوا السيف في أهلها فقتلوا فيها ما يزيد على ألف إنسان وسبوا السبي الكثير وأقاموا بالمعرة أربعين يوماً وساروا إلي حمص وصالحهم أهلها وذلك في سنة إحدى وتسعين.
فلما دخلت سنة اثنتين وتسعين وأربعمائة قصد الإفرنج بيت المقدس وهم في نحو ألف ألف مقاتل لعنهم الله وحاصروا بيت المقدس نيفاً وأربعين يوماً وملكوه في ضحى نهار الجمعة لسبع بقين من شعبان سنة اثنتين وتسعين وأربعمائة ولبث الإفرنج يقتلون في المسلمين بالقدس الشريف أسبوعا قتا في المسجد الأقصى ما يزيد على سبعين ألف نفس منهم جماعة كثيرة من أئمة المسلمين وساداتهم وعباداتهم وزهادهم ممن جاور في هذا الموضع الشريف وغنموا ما لا يقع عليه الحصر وجاسوا خلال الديار وكان وعداً مفعولاً.
ثم حصروا جميع من في القدس من المسلمين بداخل المسجد الشريف واشترطوا عليهم إنهم متى تأخروا عن الخروج بعد ثلاثة أيام قتلوهم عن أخرهم فشرع