أعمال الحضرة، ثم حدثت الفتنة وانحدر مع المستعين الى مدينة السلام فلم يزل معه إلى أن خلع المستعين، فأقام علي بن يحيى يغدو ويروح إليه بعد الخلع إلى أن أحله من البيعة التي كانت في عنقه، ولم يكن المستعين قبل الخلع بسنة يأكل إلا ما يحمل إليه من منزل علي بن يحيى في الجون إلى دار أبي العباس محمد بن عبد الله بن طاهر فيفطر عليه وكان يصوم في تلك الأيام.
قال يحيى بن علي، قال لي أبي: صرت إلى المستعين لمّا صير به إلى قصر الرصافة فوجدت عنده قرب داية المعتز وعيسى بن فرخانشاه وهم يسألونه عن جوهر الخلافة، فقالت لي قرب: يا أبا الحسن بسّ ما كان لنا منك نصيب يا هذا كاتبنا الناس كلّهم غيرك، قال قلت: أما إن ذاك ليس لتقصير فيما يجب عليّ من حق أمير المؤمنين المتوكل رحمه الله ومن حق ولديه، ولكن كان في عنقي طوق يحظر عليّ ذلك، قال فقالت: بارك الله فيك. قال: ثم خلص الأمر للمعتز فكان أول من طلبه للمنادمة علي بن يحيى فشخص إلى سرّ من رأى فتلقاه أمير المؤمنين المعتز حين قدم عليه أجمل لقاء وخلع عليه ووصله وقلّده الأسواق والعمارات وما كان يتقلده قبل خلافته، وخصّ به وغلب عليه حتى تقدم عنده على الناس كلهم. قال: فأخبرني أبي أنه حسب ما وصل إليه من المعتز من صلته ورزقه منذ خدمه إلى أن تصرمت أيامه فكان مبلغه ثلاثة وثلاثين ألف دينار وقلده المعتز القصر الكامل فبناه، ووصله عند فراغه منه بخمسة آلاف دينار وأقطعه ضيعة، وفي المعتز يقول علي بن يحيى:
بدا لابسا برد النبيّ محمد ... بأحسن مما أقبل البدر طالعا
سميّ النبي وابن وارثه الذي ... به استشفعوا أكرم بذلك شافعا
فلما علا الأعواد قام بخطبة ... تزيد هدى من كان للحق تابعا
وكلّ عزيز خشية منه خاشع ... وانت تراه خشية الله خاشعا
فأما المهتدي فإنه حقد عليه أشياء كانت تجري بينه وبينه في مجالس الخلفاء، فانحرف عنه المهتدي لميله إلى المتوكل، فكان المهتدي يقول: لست أدري كيف يسلم مني عليّ بن يحيى، إني لأهمّ به فكأني أصرف عنه، ووهب الله له السلامة من المهتدي إلى أن مضى لسبيله، وكانت أيامه قصيرة.