الحرب بين الأمير عبد القادر والجيش الفرنسي بقيادة المارشال فاليه بعد خرق الفرنسيين لشروط معاهدة التافنة. ولا شك أن استئناف الحرب قد أثر على بداية أعمال اللجنة كما أثر على حرية حركتها حتى في المناطق المحتلة من قبل.
أعطيت اللجنة مهلة عامين ونصف لإنجاز أعمالها، ولذلك كان عليها أن تقدم نتائجها للنشر سنة ١٨٤٢. ولنذكر الآن مجالات نشاطها في تصنيفات شمولية على هذا النحو، لأن أبحاثها، مهما تعددت، كانت لا تخرج عن ثلاثة أقسام:
١ - العلوم الفيزيائية: وهي تضم الفيزياء في حد ذاتها، وتتبعها الجيولوجيا وعلوم النبات والزراعة والطب والفيزيولوجيا، والزيولوجيا. وقد تولى هذا القسم عدد من المختصين كانوا يجمعون الملاحظات والمعلومات ويبحثونها ويعدون نتائجهم للنشر.
٢ - العلوم التاريخية: وهو قسم واسع، ويضم أيضا مجموعة من الباحثين. ويشمل التاريخ والآثار والجغرافية والاثنوغرافية. وسنذكر ما كتبه معظم أعضاء هذا القسم بد قليل.
٣ - الفنون الجميلة: وتضمن هذا القسم الهندسة المعمارية والرسم. ومن أبرز أعضائه رافوازيية الذي قام بزيارة لعدة مدن منها: سكيكدة وميلة وقسنطينة وجميلة وسطيف ووهران ومستغانم والجزائر. وسجل مختلف الآثار الرومانية فقط، لأن اللجنة لم تكن مهتمة بالآثار الاسلامية. وقام رافوازييه برسومات للآثار القديمة التي من بينها المسارح وأماكن الاستعراضات (السيركات)، ومبان ترجع إلى أزمنة مختلفة، كما رسم مساجد ومنازل عربية (موريسكية)، مع تفاصيل عن زخرفتها، وقد أنجز عمله سنة ١٨٤١، وقدمه للجنة. وقام موريلي وباكوري وديلامار برسم المناظر الطبيعية في شرق الجزائر لكي يعطوا فكرة محددة عن السحنات (الفيزيونوميا) العامة. وقد سجل موريلي بالذات مجموعة من التحف ومظاهر