ظهر معهد البحوث الصحراوية عندما اهتمت السلطات بدراسة الصحراء ظاهريا وباطنيا. وكان رئيسه هو السيد مير. واشترك في الدراسات فيه أطباء ومستشرقون وضباط ومستكشفون وعلماء في الجيولوجيا وغيرهم، كل في مجال تخصصه. وكانوا يصدرون أعمالهم في مجموعات، كما كان المعهد يصدر أعماله المعمقة في مجلدات منفصلة. ومنها بيبلوغرافية واسعة عن الصحراء. ومن المساهمين في المعهد ويليام مارسيه، وديبوا، وليشيه، وكابوري، وريقاس.
أما معهد الدراسات الشرقية فقد تأسس تحت إشراف جورج مارسيه الذي عمل طويلا في التعليم والتأليف في ميادين الفنون والآثار الاسلامية. وأعضاء المعهد كانوا من المستشرقين الفرنسيين المعروفين والعاملين في كلية الآداب، ومجال هذا المعهد هو العالم العربي والاسلامي الذي ينتمي إليه المغرب العربي تاريخيا ولغويا وإثنيا أو عرقيا، حسب المصطلحات الفرنسية، منذ آلاف السنين. وأنشأ المعهد (حوليات) ظهر منها عدة مجلدات. وإلى جانبها نشر أعمالا منفصلة عن المشرق العربي والاسلام في أندونيسيا، والأدب العربي المعاصر، والحياة اليومية في تونس، واللهجات العامية أو المكتوبة في الأندلس. وكذلك نشر أعمالا عن لهجة الدروز، وعن التصوف الاسلامي، وتأسيس مدينة فاس. وظهرت أسماء المستشرقين من أمثال بوسكيه، وهنري بيريز، وليفي بروفنصال، وألفريد بيل، ومارياس كنار، وكانتينو، وروبير برونشفيك، وأندري باصيه، وليون غوتييه.
وهناك معاهد ومراكز بحث أخرى كانت متصلة بالجامعة أيضا ولكنها كانت متحررة في نشاطها العلمي. نذكر منها معهد الدراسات القانونية، والمعهد الحضري، ومعهد الجيولوجيا التطبيقية، وجمعية العلوم الفيزيائية والكيميائية، يضاف إلى ذلك جمعية البحوث البترولية، ثم مكتب البحوث المنجمية. أما معهد باستور فقد كان مستقلا عن الجامعة، وكان يقوم بخدمات فى ميدان الصحة والوقاية من الأمراض.