ولم يغير قانون فصل الدين عن الدولة شيئا تقريبا بالنسبة للدين الإسلامي، إن فرنسا طبقت ذلك القانون على نفسها منذ ١٩٠٥، وفي ٢٧ سبتمبر ١٩٠٧ سرى مفعول ذلك القانون على الجزائر أيضا، ولكن بالنسبة للمسيحية واليهودية فقط، أما بالنسبة للإسلام فقد ظل وضعه كما كان تقريبا، تتولى الإدارة فيه كل شيء، فهي التي كانت تسمي الموظفين في الحقيقة، وهي التي تتصرف في الأوقاف، وهي التي تضع المساجد والمعابد الإسلامية الأخرى تحت نفوذها، أما الجديد فهو استحداث الجمعيات الخيرية للتغطية فقط.
ولو سارت الأمور بعد الفصل مع الإسلام كما سارت مع النصرانية واليهودية لكان على تلك الجمعيات أن تتولى هي الشؤون الدينية بالنسبة للمسلمين، كما هو الحال مع الأديان الأخرى، فإذا اعتمدت فرنسا الجمعية الدينية أصبحت هي المتصرفة في شؤون دينها، ولكن الأمر ليس كذلك بالنسبة للمسلمين، صحيح أن الجمعيات قد تكونت ولكنها لم تمارس حقوقها في هذا الجانب، ولا تهتم إلا بأمور الفقراء والمساكين، فهي لا تتدخل في الترشيح ولا التسمية ولا رواتب رجال الدين، وهكذا بقيت إدارة الشؤون الأهلية الرسمية هي التي تسمي رجال الدين وهي التي تنفق عليهم أو تعزلهم، وكان انتخاب أعضاء الجمعيات الخيرية نفسه مزيفا، وكانت الجمعيات عبارة عن ظل للإدارة، ويقول الشيخ أحمد توفيق المدني الذي عاش في الجزائر منذ ١٩٢٥ ودرس أحوالها، إن الأمير خالد قد طالب بتطبيق فصل الدين عن الدولة الفرنسية بالنسبة للإسلام أيضا، وأضاف أن الإدارة